目的监测造血干细胞移植术(Hematopoietic stem cell transplantation,HSCT)前后肠道菌群结构的动态变化。方法收集3例造血干细胞移植患者手术前后8个时间点的粪便样品,提取样品总DNA进行16S rRNA基因的V3区的bar coded 454焦磷酸测序,并用MANOVA、聚类分析、Pearson相关等统计方法对菌群结构的变化进行动态分析。结果 HSCT移植前,经过放、化疗及预防性抗生素治疗,患者的肠道菌群结构和组成发生显著的改变,多样性明显减少;移植4周后,菌群多样性有恢复的趋势,但菌群结构和组成与治疗前仍有明显的差异。整个HSCT过程中,Escherichia/Shigella及Enterococcus属变成肠道中最优势的细菌类群。结论肠道菌群结构在HSCT术前已发生显著的改变,机会致病菌Escherichia/Shigella及Enterococcus属成为HSCT患者肠道中最优势的细菌类群。