新一代测序

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  对法医来说,这是一个令人难以置信的年代。一些巨大的改变正在所有的实验室中发生,其中很多改变是新一代测序带来的。拥抱这种变化,对法医学的成长和发展至关重要。尽管目前大多数法医实验室没有使用新一代测序,但是这种分析方法终将有一天成为法医实验室的经典分析手段。
  什么是新一代测序
  基因测序能够通过血液、唾液、精液、头发等样品分析测定一个人的基因序列,从而分析个体的相关特征。在医学领域,基因测序可以用来预测疾病,比如癌症、白血病等。在运动员选拔中,基因测序甚至可以用来预测运动天赋。在法医实验室,基因测序可用于分析案发现场的相关基因痕迹,判断受害者和嫌疑人的身体特征。目前,基因测序相关产品和技术已由实验室研究演变到临床使用,可以说基因测序技术是一种正在改变世界的高新技术。
  1975年,英国生物学家桑格(1958年及1980年诺贝尔化学奖获得者),发展出一种称为“链终止法”的技术来测定基因序列,这种方法也称作“双去氧终止法”或是“桑格法”。两年之后,他利用此技术成功定序出一种噬菌体的基因组序列。这也是首次完整的基因组定序工作。他所发明的技术比起当时其他方法使用了较不具毒性的材料,主要步骤如下:先进行聚合酶链式反应(PCR),利用DNA引子和DNA聚合酶使DNA链得以展开复制,再利用双去氧核苷酸来终止DNA链的合成。
  在桑格发明基因测序之后的30年时间里,他的方法成为了一种常用和经典的方法。然而,随着人类基因组计划的完成,科学家发现要用这种方法来检测全基因组则困难重重,主要是因为这种方法成本高、速度慢。因此,研究人员需要一些更为廉价、便捷且快速的基因测序方法。于是,研究人员逐步发展出新一代测序(英文名称为Next Generation Sequencing,以下简称NGS)。NGS并非单一的技术,而是多种先进的基因测序技术的统称,其中包括第二代和第三代基因测序。第二代基因测序包括从头测序、全基因组测序、外显子测序、目标区域测序、宏基因组测序等。第三代基因测序则包括单分子DNA测序、实时DNA测序、单分子纳米孔DNA测序等。
  NGS的优势
  法医分析的重要特征是从有限信息中得到优质的结果。在法医DNA分析中,需要有效、优质、准确的分析结果,而这些DNA证据往往来自凌乱的犯罪现场,那里往往只存在少量甚至微量、受损的、质量较差的DNA样品。NGS技术让法医能够从极少量的DNA样品中获得更高质量的结果。
  NGS技术不但快速、高效、准确,而且能便于不同法医实验室进行沟通和交流。在传统的DNA分析中,不同的法医实验室检测结果有所差异,甚至可能得出相反的结论,这是传统DNA分析受人诟病的重要原因。例如,如果一个实验室使用13个基因位点,而另一个实验室使用不同的20个基因位点,那么结果就无法轻松比较或用于鉴定嫌疑犯。而NGS分析更为法医带来更多的基因位点,能够覆盖整个法医学范围,这样大家的检测结果会比较一致,能让不同的法医实验室能够更好地沟通,让法医DNA分析更具权威性。
  传统的DNA分析法一次只能检测一个样本,而NGS技术一次能分析多个样本,大大减轻了法医的工作负担,让法医有精力去开发更好的分析技术。在传统的分析中,每个基因位点分析系统的试剂盒要进行单独分析。NGS的好处在于所有基因位点都能以同一方式处理,使用相同试剂来获得结果。一次了解所有基因位点将使得大规模搜索变得更为便捷。当嫌疑人的DNA图谱不能直接匹配时,法医使用这种技术在已定罪的重犯DNA数据库中搜索证据。为了找到调查线索的潜在证据来源,法医还可利用NGS对嫌疑人的家族进行大规模的基因分析,找到和嫌疑人最具亲缘关系的亲属。
  NGS的用途
  NGS技术可以用于刑事案件的DNA检测。从20世纪80年代开始,法医实验室就开始使用DNA检测来帮助破解之前无法解决的刑事案件。由于法医DNA分析可用来排除可疑人员,它已经成为一种不可或缺的工具。在刑事案件中,一些DNA证据很小,比如唾液和精斑,還有一些样本还要多次使用,靠传统的测序方法很难有所收获。利用NGS则可以获取尽可能多的基因信息。
  如今,犯罪分析刑事案件中的NGS技术主要包括常染色体短串联重复序列(STR)分析、线粒体DNA(mtDNA)测序、男性Y染色体短串联重复序列分析(Y-STR)以及单核苷酸多态性(SNP)。举例来说,在强奸案的侦破中,常用Y-STR,这是法医对精子的一种DNA检测手段。Y-STR基因座是位于男性Y染色体上的人类多态性STR位点,一般情况下,只有男性个体才有Y染色体,因此,Y- STR具有男性遗传,男性特异性的特点。Y- STR既可作为性别鉴定的依据,同时在法医学精斑及混合斑检验中发挥着重要作用。
  NGS技术可以协助分析死亡的原因或方式。在美国一个看似离奇的案例中,一名13天大的新生儿离奇死亡,法医检测结果竟然是死于吗啡中毒。奇特的是,新生儿的父母都没有吸毒史,相关的近亲也没有吸毒史。难道是新生儿的父母有什么仇家,要用毒品来害死这个可怜的孩子?法医检测的结果是,毒品来自新生儿目前的奶汁,然而,没有任何证据证明这位母亲吸毒。经过NGS分析才真相大白:对这位母亲的基因分析发现,她具有超级代谢吗啡的先天能力,能把可待因(麻醉剂)高效地转化为吗啡,其转化能力是普通人若干倍。她在医院接受剖腹产时注射了可待因,她将这种麻醉剂转化为吗啡储存在了身体内,新生儿吃了这种富含吗啡的奶汁后中毒身亡。
  NGS还为DNA数据库样本的高效利用提供了机会,从而让执法人员能更快地鉴定出在逃的犯罪嫌疑人,并利用DNA图谱分析关联法医案件。国际数据库已经收集了数百万张DNA图谱。它们协助执法机构鉴定肇事者的身份,关联多个犯罪现场,并处理失踪人口的案件。全世界的DNA数据库利用聚合酶链式反应(PCR)以及基于荧光的长度检测来分析这些DNA样本。这种PCR技术已经使用了近20年,几乎不曾改变。随着NGS的出现,实验室如今有了更多的选择来产生高质量的法医DNA图谱。这种一体化的流程能帮助实验室更加高效地分析相关样本的信息。
  编辑:刘雨濛 lymjcfy@163.com
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