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吉林农业科技学院在振兴东北老工业基地战略方针的指引下，更好地为区域经济发展服务，于2005年8月筹建了机械工程系，面向全国招生。现有一个农业建筑环境与能源工程本科专业，机械制造与自动化和水利工程两个专科专业。在完成教学任务的同时，积极开展学术研究，完成院级立项教研课题54，副主编以上公开出版教材12部，