【摘 要】
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目的 基于网络药理学和生物信息学研究天然虾青素(AST)治疗肾透明细胞癌(KIRC)的分子作用机制.方法 利用PharmMapper数据库检索AST的作用靶点,TCGA数据库获得并筛选KIRC癌组织和癌旁组织中的差异基因,Cytoscape软件对靶基因进行分析并构建“药物-靶点”网络图,String数据库构建可视化PPI网络,对核心作用靶点进行GO富集分析.接着,对筛选出的核心靶点胎盘生长因子(PGF)进行单基因生物信息学分析,采用CCK-8法验证AST对KIRC细胞活性的影响,分子对接技术验证AST与P
【机 构】
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蚌埠医学院检验医学院肿瘤基础研究与临床检验诊断重点实验室,安徽 蚌埠233030;连云港市第二人民医院检验科,江苏 连云港 222000;蚌埠医学院检验医学院生化与分子生物学教研室,安徽 蚌埠2330
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目的 基于网络药理学和生物信息学研究天然虾青素(AST)治疗肾透明细胞癌(KIRC)的分子作用机制.方法 利用PharmMapper数据库检索AST的作用靶点,TCGA数据库获得并筛选KIRC癌组织和癌旁组织中的差异基因,Cytoscape软件对靶基因进行分析并构建“药物-靶点”网络图,String数据库构建可视化PPI网络,对核心作用靶点进行GO富集分析.接着,对筛选出的核心靶点胎盘生长因子(PGF)进行单基因生物信息学分析,采用CCK-8法验证AST对KIRC细胞活性的影响,分子对接技术验证AST与PGF结合情况,RT-qPCR和Western blot验证AST对靶基因mRNA和蛋白表达的影响.结果 分析得到AST作用靶点278个,KIRC相关作用靶点1081个,AST治疗KIRC的核心作用靶点7个,其中核心靶点PGF在KIRC中表达增高(P<0.001)且与预后不良相关(HR=1.37,P=0.043);分子对接显示AST与PGF的结合能为-5.43 kcal/mol;CCK-8显示当AST浓度为50μmol/L时即可以抑制KIRC细胞的增殖且AST浓度越高抑制作用越显著;RT-qPCR结果显示,AST处理KIRC后PGF的mRNA表达水平显著降低;Western blot结果显示,经AST处理后KIRC中PGF的蛋白表达受到了明显抑制.结论 AST可以抑制KIRC的增殖并抑制其细胞中PGF的表达.
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