以开红花和黄花木棉属木棉Bombax malabaricum的14株个体的核糖体DNA ITS序列测序结果,构建了系统发育树,并选取与木棉属较近亲缘关系的吉贝属Ceiba Mill.emend.Gaertn.、轻木属Ochroma Swartz的种作为外类群,基于Maximum likelihood analysis(最大似然法)、Maximum parsimony analysis(最大简约法)和Bayesian inference(贝叶斯方法 )对木棉属红花和黄花的木棉个体植株进行分子系统发育重建。结果表明,开红花木棉和开黄花木棉的植物学特征描述基本一致,来源于不同地点或同一地点供试木棉植株分子序列与Genbank中记录的木棉的ITS全长序列相似度为99%,与同属的Bombax buonopozense亲缘关系较近,并且与ITS序列对红花木棉和黄花木棉所有物种以100%的Bootstrap聚在一起。对两者的主要植物学性状和分子生物学基因序列综合评价,确认红花木棉和黄花木棉同属一个种。