食用菌菌种在培养过程中均会发生不同程度的诸如绿霉、青霉、曲霉、根霉、毛霉以及细菌等杂菌污染，高温季节尤为严重。由于杂菌的侵害，往往会导致信用菌减产甚至绝收。因此，寻找杂菌污染的原因，对于提高栽培的成功率和经济效益具有重要的意义。正常情况下，二级菌种和三级菌种的污染率在5%以下，如果超出这一范围，就需要查找原因。
　　1.灭菌不彻底
　　培养料灭菌不彻底会造成杂菌污染，一般3～5天即可出现污染现象。而灭菌不彻底也是由于下列几个原因引起的：
　　1.1霉菌操作不当 一般杂菌的菌丝体与孢子经过常压100℃、6～8小时或121℃、0.5～2小时均能杀死。目前食用菌培养料往往采用常压灭菌法或高压灭菌法。常压灭菌对谷粒、粪草等材料的灭菌难度较大，不容易达到完全灭菌的效果；而高压灭菌法效果则要好得多。采用高压灭菌时，关键是把锅内冷空气排尽，否则锅内不能达到饱和的蒸汽压，灭菌的温度也达不到要求。采用常压灭菌时，灭菌仓的周围最好砌成圆形，以便灶内温度升高均匀，灶顶砌成圆拱形，这样冷凝水沿四壁下流而不会打湿菌种瓶（袋）。另外蒸汽不足、温度不高等也是常压灭菌不彻底的因素。
　　1.2培养料性质的影响 制种所需材料的种类、培养料中的含菌量、含水量以及酸碱度等都能影响灭菌效果。灭菌时，要根据培养料配方的不同，选择相应的灭菌时间。选用的培养料一定要新鲜无霉变。从培养料灭菌前微生物含量越高灭菌时间越长，反之则短，所以培养料配制完毕后必须及时灭菌，装袋后的菌种不要过夜后再上锅灭菌，以免微生物大量繁殖，导致料内的含菌量升高，并且会造成培养料营养损失。水的热传导性能比木屑、粪草等固体要强，如果培养料内水分均匀适宜，则灭菌效果好。培养料中应避免出现“夹心料”（即培养料中含有未吸水的干料）。灭菌锅内的蒸汽对夹心料的穿透能力较弱，容易出现灭菌死角，达不到灭菌的目的。另外，培养料的酸碱度也影响灭菌的效果，偏酸的培养料比中性和偏碱性的灭菌时间要短。
　　1.3菌种瓶（袋）堆放不当 菌种瓶（袋）在灭菌锅内的堆放形式可影响灭菌效果。在排放时要留有一定的空隙，以便蒸汽的流通和升温。菌种袋装的培养料灭菌时，由于塑料袋受热后容易变形变软，如装料不紧，叠压堆放时菌袋之间的空隙会减少，影响灭菌效果。
　　1.4菌种瓶或菌种袋的影响 制种时一般选择菌种瓶或菌种袋。塑料袋传热速度快，而玻璃瓶传热速度较慢，在相同培养料，使用相同的灭菌方法时，瓶装料要比袋装料灭菌时间稍长一些。另外，个别容器密封不严或有细小破损，也可以导致杂菌的污染。
　　2.接种操作不规范
　　食用菌接种过程需要严格的无菌操作，如操作不规范则极易造成培养料的杂菌污染。污染的杂菌一般是接种室空气中杂菌、菌袋表面的杂菌以及接种人员的体表杂菌等。操作不规范引起培养料污染是杂菌在培养料表面生长，一般发生在菌袋开口以及接种处。因此必须要严格遵守无菌操作规程，接种室要用“菌室专用消毒王”进行严格的消毒处理。
　　3.菌种带杂菌
　　用于扩大培养的原种必须是纯菌，这样才能保证菌种的单一性。如果菌种本身不纯，可造成批量污染，生产的一批菌种中，集中在一起的菌种都出现污染，而且污染的部位在菌种块处，污染出现较早，接种3～5天即可出现。因此在制种时应尽量采用生活力强、菌龄适宜、抗逆性强的优良菌种作为原种。
　　4.培养室不洁净
　　培养料不洁净、空气不流通、室内潮湿，也可感染杂菌，这种情况下污染率相对较低，但随着培养时间的延长，污染率会逐渐增加。大量污染一般在接种10天后出现。摘自《中国食用菌商务网》