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目的：比较分析石斑鱼育苗新旧模式水体中菌群的分布差异性.方法：应用高通量测序技术测定6批次(A1、A2、B1、B2、C1和C2)水样的菌群16S rDNA V4变异区序列,样品分别取自漳州诏安采用"生态优化及病害防控人工育苗创新模式"和传统模式的两个石斑鱼育苗场的育苗水体.应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha多样性,以及物种丰度的差异性.结果：本研究获得用于分析的序列和OTU数为66727/3724(A1)、66418/3391(A2)、87403/3980(B1)、57519/3438(B2)、62349/3530(C1)和66673/3004(C2);稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近实际情况.A1、A2、B1、B2、C1和C26个样品的丰富度指数分别为6535.21/8872.16、6583.85/8855.40、8062.60/10640.49、6878.85/9352.25、6859.85/9295.45和5291.87/6868.28,多样性指数分别为0.05/4.72、0.04/4.77、0.04/4.69、0.04/4.74、0.05/4.45和0.08/4.06.传统模式育苗场爆发石斑鱼病毒性神经坏死病的同一时期,对两种模式育苗水体中的菌群在门、属水平分别进行单样品物种丰度、多样品物种分布和物种丰度差异性分析.在门水平,两种育苗模式育苗水体的优势菌群分布相似,但在属水平,传统模式育苗水体的优势菌群中易致病菌假单胞菌属含量显著高于新模式育苗水体.结论：获得了爆发病毒性神经坏死病前后,石斑鱼育苗新旧两种模式共6批次育苗水样的细菌均匀度、丰富度和菌群结构,推测石斑鱼"生态优化及病害防控人工育苗创新模式"可能有利于抑制致病菌,富集益生菌.