基于转录组测序数据的青稞WRKY基因家族的生物信息学分析

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WRKY是植物中一类重要的转录因子,广泛调控了植物的生长发育和逆境胁迫应答.基于青稞白粉病侵染幼苗的转录组测序数据,本研究鉴定得到41个青稞WRKY转录因子,被划分为3个大组:Ⅰ组(6个)、Ⅱ组(21个)和Ⅲ组(12个).另外,HvWRKY40和HvWRKY41没有分组.青稞WRKY基因进化分析的聚类结果和分组结果一致,进一步支持了我们分组的正确性.包括HvWRKY2、HvWRKY8、HvWRKY13、HvWRKY34和HvWRKY41,以及HvWRKY4、HvWRKY7、HvWRKY20、HvWRKY26和HvWRKY30在内的两组WRKY基因,表现出明显的先升高(36 h和72 h),后降低(168 h)的基因表达趋势.这些WRKY基因很可能参与了调控青稞抗白粉病的分子应答机制.青稞WRKY家族的蛋白相互作用网络中,HvWRKY3、HvWR-KY8、HvWRKY9属于网络中的主要中心节点.此外,HvWRKY3、HvWRKY8、HvWRKY9、HvWRKY30、Hv-WRKY34、HvWRKY38、HvWRKY39彼此之间相互作用,是蛋白互作网络的核心网络.本研究挖掘了青稞的WRKY家族成员,系统分析了家族成员的分组、家族成员的WRKY保守域特点、家族成员之间的进化关系、白粉菌侵染下的基因表达水平和家族成员的蛋白互作网络.本研究可为今后青稞的抗逆研究提供优良的候选WRKY基因.
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