多式联运作为现代综合交通运输体系的重要组成部分，具有资源利用率高、综合效益好等特点，成为新时期优化运输结构、推动物流产业提质升级的重要抓手。多式联运由不同交通工具衔接、不同运输方式整合以及跨部门、跨体系协作完成运输服务，主体多元导致协作成本较高，但是各主体以满足客户需求为共同目标，呈现出供应链特征。供应链集成有助于改善绩效、提高协作效率。根据目标、权限和内容不同，多式联运供应链集成内容、范围和整合方式的重心不同，铁—水联运为铁路—港口共同协商模式，通过契约或股权方式确立主导企业地位，共同协商对整个系统实行统一管理并集体决策确定价格、成本分摊和收益分配；水—公联运为以港口码头为主导的主从协调模式。为保证多式联运体系的稳定性和连续性，政府应加强顶层设计和统筹管理，加强现有法律制度衔接和标准规则统一，激发主导企业主动性和责任感，提升多式联运信息共享水平，以进一步深化多式联运协同程度，提高多式联运整体效益。