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非财政性高等教育经费是高校经费来源的重要组成部分,研究其管理与使用的现状及存在的主要问题,对于健全投入机制、规范经费管理等具有重要的现实意义。文章通过对上海市部分市属公办高校审计结果公告的系统梳理以及对部分高校实地调查发现,非财政性教育经费管理与使用的主要问题存在于合作办学管理、校办企业管理与收益分配、科技成果等无形资产管理等环节。解决问题可以从健全内部治理、加大公开力度和完善监管体系等方面入手,形成政府、高校、社会共同参与的规范管理机制。