自由贸易区主要实行境内关外政策和一站式服务管理。跨边界合作与治理减少了国家或地区间的贸易壁垒,降低了内部交易成本,有助于推进地区在经济、社会、文化和制度等方面的高度一体化。当前,基于面临的经济转型升级问题,中国大陆正努力推动自由贸易区建设,同时,台湾地区也在推动自由经济示范区建设,从而对两岸口岸治理提出新的现实需求。目前,台湾地区海关在通关治理方面已基本实现货物通关自动化,并在积极推进"关港贸单一窗口"海关电子化建设。中国大陆口岸则存在口岸治理体制不一致、职能部门交叉、治理效率低、建管分离、电子口岸治理建设慢等问题。基于此,在自贸区建设下,近期推进两岸口岸治理合作应主要从促进两岸双向投资和高端产业合作、开展以"三互"为主体的口岸治理合作、推进口岸信息化大通关建设合作、构建"21世纪海上丝绸之路"战略下两岸口岸治理互动机制、探索推动实现厦金融合发展的两岸口岸治理合作新模式等五方面加以展开。