目的研究从中国1996~2002年急性弛缓性麻痹(AFP)病例的粪便标本中分离到的脊髓灰质炎(脊灰)疫苗病毒中优势株的基因特征,以及分析优势株形成的原因,从而为中国维持无脊灰状态、疫苗免疫策略的转变提供科学依据。方法对1996~2002年省级疾病预防控制中心(CDC)脊灰实验室送检的所有脊灰病毒分离株,通过统计学方法确定优势株,然后使用聚合酶链反应-限制性酶切片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和酶联免疫吸附试验(ELISA)两种方法对优势株进行型内鉴定。型内鉴定显示与疫苗病毒有差异者,进行VP1区基因核苷酸序列的测定和分析。结果中国1996~2002年从AFP病例中分离的脊灰疫苗病毒Ⅱ型比Ⅰ型和Ⅲ型多,差异有显著的统计学意义,是优势病毒株。在Ⅱ型脊灰病毒中,PCR-RFLP型内鉴定方法检测出Ⅱ型疫苗变异脊灰病毒70株,ELISA型内鉴定方法检测出Ⅱ型双反应(DRV)株13株,全部排除脊灰野病毒。在总计82株Ⅱ型变异脊灰病毒中(1株病毒既是疫苗变异株、也是DRV株),nt2909位点是个突变热点(69/83,83.1%),其中14株变化形式为T2909A,54株变化形式为T2909C,1株变化形式为T2909G;4株Ⅱ型疫苗衍生脊灰病毒(VDPV)被鉴定出来,其在VP1区的抗原性与Sabin株相比并无大的差别。结论中国1996~2002年从AFP病例中分离的脊灰病毒中,Ⅱ型脊灰病毒一直是优势株,但Ⅱ型病毒在VP1区抗原性以及核苷酸序列上与Ⅱ型疫苗病毒相比,并无很大改变。因此,Ⅱ型病毒成为优势株的原因应该在于Ⅱ型病毒本身的一些特性,例如在Ⅱ型疫苗病毒基因组中决定减毒的位点比Ⅰ型疫苗病毒少,以及Ⅱ型脊灰疫苗病毒在人体肠道内复制的时间比Ⅰ型疫苗病毒长等。这是中国Ⅰ型脊灰疫苗病毒比Ⅱ型脊灰疫苗病毒少的两个重要原因。但Ⅱ型脊灰疫苗病毒显著多于Ⅲ型脊灰疫苗病毒的原因尚需进一步深入研究。