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现行的高等教育拨款制度极度倾向于重点大学，非重点大学的国家重点学科由于一直未受到政府的足够重视，教育经费严重不足，造成了高等教育区域发展不平衡加剧、教育投资的“马太效应”越来越明显、高等学校无法按照自身特色发展等问题。为此，应把特色发展、区域协调和办学绩效充分结合起来，建立按照国家重点学科数目划拨教育经费的拨款制度。