【摘 要】
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目的以1例恶性胸腺瘤并发外阴部感染患者溃疡部位拭子标本为模型,建立适用于临床病毒检测的宏基因测序平台。方法提取该患者外阴部水疱液中的全部核酸,通过不依赖序列的单引
【机 构】
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广州中医药大学第二临床医学院,广州医科大学附属第一医院检验科,广东省中医院检验科
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目的以1例恶性胸腺瘤并发外阴部感染患者溃疡部位拭子标本为模型,建立适用于临床病毒检测的宏基因测序平台。方法提取该患者外阴部水疱液中的全部核酸,通过不依赖序列的单引物扩增（SISPA）后进行Ion Torrent PGM高通量测序,筛选出与病毒相关的测序读长（reads）与NCBI数据库中的序列进行比对,分析标本中病毒核酸的种类及丰度,并与荧光定量PCR法比较。结果共获得320 049条读长,4 288条（1.3%）与病毒相关,其中2 629条为噬菌体基因,其余1 659条读长中与人类疾病相关的有单纯疱疹病毒2型（HSV-2）14条（0.84%）、指环病毒属（Anellovirus）1 361条（82.0%）、多瘤病毒属（Polyomavirus）19条（1.14%）、乳头瘤病毒属101（Papillomavirus 101）6条（0.40%）,反转录病毒科80条（4.82%）、痘病毒科45条（2.7%）、其他病毒如植物、鱼类、禽类病毒117条（7.05%）、未分类病毒17条（1.02%）;疱疹病毒序列鉴定结果表明,14条读长注释为HSV-2（NC001798）,且用荧光定量PCR确认为HSV-2阳性,两法结果一致;噬菌体序列分析发现2 629条读长为噬菌体基因,其中1 251条为肠杆菌噬菌体（占47.6%）,1 331条为葡萄球菌噬菌体（占50.6%）。结论初步建立了基于Ion Torrent PGM的病毒宏基因组测序平台并成功检测出HSV-2,为其在临床中的应用提供了实验依据。
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