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本文选用经过实验验证的碱基序列，用简化的方式，构建了被水分子和镁离子修饰的核酸序列的分子模型，应用分子力学模拟方法对序列进行能量优化，对优化后序列的构象参数、成键状况和能量数据等进行了分析。对ｔＲＮＡ＾Ｈｉｓ／ＧＵＧ的识别特性作了初步的探索，得到了和实验结果相近的结论。此外，还从能力学的角度讨论了溶剂－溶质－溶剂相互作用形成的网状氢键网络对核酸结构稳定性的影响，探讨了非Ｃｒｉｃｋ－ＷａｔｓｏｎＧＵ