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肉鸡肠道微生物群落随着年龄的增长而变得复杂。菌群的建立受饲料和鸡本身因素的影响。饲料益生素能调节菌群向有利细菌转变，这对肉鸡的健康是很有益的。鸡肠道共生微生物通过竞争性排斥的方法，对防止病原菌在肠道内的繁殖起着重要的作用。总之，随着抗生素添加剂逐渐被禁用，人们将对寻找相应的替代品产生极大的兴趣。