为避免主体功能区之间的同质竞争，一般赋予主体功能区异质的目标，这是实施《全国主体功能区规划》战略中的错误观点。为促进主体功能区之间的合作，需要在现有理论基础中融入经济发展权公平理论与生态预算理论。本文首先在对主体功能区生态预算系统现行外部环境分析的基础上．论证系统目标不明、子系统目标偏颇是妨碍主体功能区生态预算系统合作的根本原因。然后．创新提出异质主体功能区生态预算子系统应该具有同质的目标．并论证生态预算系统结构与合作机理。最后．建议政府通过各种压力标准对财政转移支付定价．建立纵横交错的财政转移支付制度，并对主体功能区之间财政合作资金加以配套．研究主体功能区生态预算系统合作机理，开启主体功能区规划的财政政策体系改革，将对“细化”推进主体功能区规划的战术方案有着重大影响。