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高密度发酵是提高发酵产量的一个非常有效的手段。通过摇瓶培养确定毕赤酵母基因工程菌（GS115／pPRONK1）生长和表达纳豆激酶的最优化条件，并在此基础上利用5L发酵罐进行分批补料高密度培养，确定最适发酵条件，即接种量10％，发酵最适pH值为8．0，表达的最佳温度为25℃，甲醇诱导18h后，纳豆激酶的最高活力达到6．5×10^4U／L。