李 开元在研究历史的过程中经常四处走访，探查历史遗迹。在李开元看来，十几年关在书斋里的经验，让他离真实的历史越来越远。“历史是过去，在时间中消失，可在空间中还有遗留。你只有亲眼看到那些古迹，才会感受到历史是实实在在的东西。文物、遗迹既属于古代，其实也属于今天。”
　　旅行之外，李开元也喜欢读日本的侦探小说，他喜欢柯南·道尔的《福尔摩斯探案全集》。在《秦谜》一书的结语里，李开元说，在日本，很多侦探小说名家都喜欢历史，他们会把这些题材放到自己的小说创作中。
　　李开元决定对此进行借鉴，他在写作秦始皇亲生父亲是谁这样的历史谜题时，都会先抛出问題，然后运用排除法，分析秦始皇生父问题存在的几种可能性，针对这几种可能性，再去找历史上所记载的材料，从中分析这些记述的破绽。
　　李开元还用侦探式的逻辑推理破解了一个困扰了两千多年的历史谜团。《史记》里面记载了吕不韦将赵姬献给秦始皇的父亲是在有身孕时，这才生下了秦始皇。李开元通过出土的有关秦代法律的记载，发现这根本不可能。因为秦代人对于血脉问题非常重视，不论是后妃还是皇子，宫中医官都要进行严格检查。据资料记载，秦代医术检查出后妃是否有身孕是非常简单的。
　　吕不韦作为一名商人，他扶持秦始皇父亲争夺皇位是为了让自己获得荣华富贵，他不会冒险做出送有孕女子进宫的蠢事。为了将这一证据坐实，李开元还分析了这一故事是如何流传，并成为了千古疑案的。他发现，这一故事主要在汉武帝时期出现，其目的是否认汉王朝是秦王朝的继承者，为了污蔑秦始皇、否定秦朝的正统性被编出。
　　在做推理的过程中，李开元对《史记》本身的很多记载也提出了质疑。司马迁虽然是一个严谨的历史学家，但也喜欢把市井流传的很多故事不加分辨地写进书里面，比如《史记》里关于刘邦斩白蛇的情节，纯粹是为了当朝的合法性需要而刻意编造的。“现在，很多我们的历史学者不对历史资料的来源进行分析，像‘百家讲坛’上的很多主讲者，只是把《史记》里的内容翻译成白话讲一遍，这没有办法还原真实的历史。”
　　在《秦谜》这本书里，李开元还破解了几千年来人们对“焚书坑儒”的错误认知。焚书坑儒已成为了秦始皇的“黑账”，更被现在许多的历史教材当成中国古代专制黑暗的典型。“可惜，这段故事的出处，即《史记·秦始皇本纪》，两千多年来大家都不认真读，盲目地相信。”李开元通过研究发现，《秦始皇本纪》是由四个部分组成：秦代官方历史记载、碑文和群臣问答奏议、法律文书和司马迁听到的历史故事。
　　“前三部分都比較可信，历史故事的可信度较低。‘焚书’这个事是真实存在的，因为是法律。但‘坑儒’却是民间流传的历史故事，是秦朝灭亡之后，为了抹黑秦朝故意捏造的。”李开元针对质疑回应道。