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2005年4月至2006年11月,对雷公山自然保护区的鱼类资源状况进行了调查。调查表明,保护区共有鱼类35种,隶属4目10科30属。该区的鱼类多数为适应于山区溪流生活的种类,鲤科鱼类是其中最大的类群,构成鱼类区系成分的主体。该区有一定经济价值的鱼类包括泥鳅(Misgurnus anguillicandatus)、马口鱼(Opsariichthys bidens)、鲤(Cyprinus carpio)、瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)、黄鳝(Monopterus albus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、刺(Spinibarbus caldwelli)、南方白甲鱼(Onychostomagerlachi)、月鳢(Channa asiatica)等。通过实地调查,对保护区内两条主要水系(长江水系和珠江水系)的物种相似度进行了对比。