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支持向量机（SVM）是广泛应用于各个领域的分类算法，包括生物信息学。本研究应用SVM作为蛋白质相互作用的分类算法，所用蛋白质相互作用数据下载于墨尼黑生物信息学中心的酿酒酵母数据集，包含有6736条蛋白质，其中相互作用的有4837对，不相互作用的有9674对。提取蛋白质主要结构的电荷和等电位点特征，并应用SVM分类算法对此进行了分类。结果显示，分类的正确率在60％左右，但是较系统发育谱法还是获得了较高的分类正确率。