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重症急性呼吸综合征（severe acute respiratory syndrome,SARS）、H1N1流感、流行性出血热等重大传染病在我国人群中发展较快，由于我国人口较多，重大传染病更加肆无忌惮。传染病主要是由于病原体所引起的疾病，其具有传染性强的特点，可在人与人、人与动物之间传播，对人类的生命安全以及健康造成了非常严重的威胁。重大传染病在我国社会中引发了较大的风险以及特殊性，而中医药在各种重大传染病中起着非常重要的主导作用，对于加强中医药公共卫生建设具有较高的重要意义。本文通过文献调研法及专家访谈等调查方法，总结了中医药应急管理体系的当前建设存在的问题，并从中总结出八大措施，为促进福州市中医药公共卫生建设机制提供更完善的对策。