【摘 要】
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不同物种间的同义密码子使用偏性存在差异,开展密码子偏好性研究可深入了解基因表达特征,为分子育种提供依据。利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术获得金鱼的转录组数据,
【机 构】
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北京市水产科学研究所,天津市水产研究所
【基金项目】
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北京市自然科学基金项目(8152017),公益性行业(农业)科研专项(201503108),北京市农林科学院所级科技创新团队建设(JNKST201616),农业部都市农业(北方)重点实验室(99124120)
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不同物种间的同义密码子使用偏性存在差异,开展密码子偏好性研究可深入了解基因表达特征,为分子育种提供依据。利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术获得金鱼的转录组数据,筛选符合条件的编码基因序列(Coding DNAsequence,简称CDS),并通过CodonW软件和CUSP程序对金鱼蛋白质编码基因序列进行了分析,获得编码氨基酸的密码子使用频率,并与人、酵母、大肠杆菌、果蝇、斑马鱼等不同种类的模式生物进行比较。结果表明,金鱼8 143个基因在64个密码子中有28种偏爱密码子,有效密码子数
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