【摘 要】
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目的 应用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv1818c基因编码蛋白PE_PGRS33的结构和功能进行预测分析. 方法 自GenBank数据库中提取Rv1818c基因相关基因信息;运用ProtParam及Prot
【机 构】
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潍坊医学院医学检验学系,山东潍坊,261053;潍坊医学院病原生物学教研室
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目的 应用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv1818c基因编码蛋白PE_PGRS33的结构和功能进行预测分析. 方法 自GenBank数据库中提取Rv1818c基因相关基因信息;运用ProtParam及ProtScale预测其编码的PE_PGRS33蛋白理化性质和亲疏水性;分别运用NetPhos、TMHMM分析PE_PGRS33的磷酸化位点、跨膜螺旋;利用SOPMA、SWISS、MODEL分析PE_PGRS33蛋白的二级结构并建立三级结构模型;利用Bepired、ABCpred及SYFPEITHI预测PE_PGRS33蛋白的B细胞与T细胞表位. 结果 Rv1818c基因编码的PE_PGRS33蛋白含有498个氨基酸残基,疏水系数0.425,为疏水性蛋白.PE_PGRS33含有7个磷酸化位点,不存在跨膜区域,二级结构以无规卷曲为主(占50.20％),结构较松散.利用SWISS-MODEL建构建出PE_PGRS33蛋白的三级结构.PE_PGRS33蛋白含有27个B细胞抗原表位,数个T细胞优势表位. 结论 PE_PGRS33蛋白是结核分枝杆菌的重要表面暴露蛋白,与结核分枝杆菌的潜伏感染密切相关.生物信息学预测该蛋白含有多个抗原表位,可作为结核治疗的潜在分子靶标.
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