明万历二十八年（一六○○），徐光启经人介绍结识利玛窦，请教西方自然科学，却获赠两本宣传天主教教义的小册子，一本《马可福音》，一本《天主实义》。据说，徐光启心里明白，这是劝他先入教，而后才肯向他传授西方科学知识。经过三年考虑，徐光启终于在南京受洗，之后甚至带全家都加入了天主教。由是，敷衍出中国近世思想史上的一桩学案。后朝评价，徐修历书倡科学，功高盖世，但改宗信教颇有问题。民国以降大尊科学，更是索性掩盖住这样的身份，开口只谈是科学家、爱国政治家。数年前在某种思潮的影响下，又有人忙不迭地挖掘历史故纸，围绕其宗教身份大做文章。然而，无论是政治正确还是政治影射，对理解作为思想家的徐光启甚少裨益。
　　理解思想家只能从思想本身入手。看待徐光启的入教行为，首先要排除两个较为极端，也过分简单的推论。正如并无充分的证据显示徐光启作为天主教徒何其虔诚，我们也不能假设他入教只是为了换取利玛窦的信任。徐光启思想身份之特殊，与利玛窦的知识身份有着莫大关联。在观察传教士带给明代中国士人的知识时，天主教神学与西方科学确实如车之两轮、鸟之双翼。甚至可以说，与天主教神学一样，科学知识在这一中西交汇的历史时刻本身竟带有相当强烈的规范意义。在西学东渐的早期運动中，中国的传统学问尚未发生学科分化。在这种背景下，大约更当着眼于西方知识给中国学问造成的总体影响。
　　利玛窦当年带给中土的震撼，至大者莫过于《坤舆万国全图》，不仅在直观上摇撼了“中国中心说”，更对中国传统的宇宙观形成了冲击。据说，徐光启成为天主教徒，这个地图也起到了一定作用。那么，徐光启与其说是认信了基督教义，毋宁说其内在生发出了重新理解宇宙秩序的知识渴望。基督教教义以兼具人格化与超越性的上帝为核心，而中国人的观念世界主张天人合一，神俗二分却又水乳交融。利玛窦据此对中国神谱有过判教：“吾国天主，即华言上帝，与道家所塑玄帝玉皇之像不同。彼不过一人，修居于武当山，俱亦人类耳，人恶得为天帝皇耶。”我们也知道，正是照应中国传统思想中具有核心位置的“天”的概念，早期传教士将西洋的上帝翻译成“天主”。然而其中微妙在于语词的重心位移：“天”字仅是对“主”的润饰。方以智评价西洋科学“详于质测而拙于言通几”，反过来就是说，中国的学问乃是从天象之学到微妙玄理又到民常日用，是无所不贯的通几之学，因此才称得上是“融为一体”。要注意，通几之展开必须围绕“天”—既可以从蚁行鱼潜中观察，也能反身决定生活起居。换言之，如果“天”被抽离了中心的意义，同时对物的理解又不能得到新的形上支撑，就势必动摇认知理式上的秩序。徐光启称基督教义为“天学”，本身似乎也暗示了一种新的教化，一种对天的概念的更新。因而，在艳羡西方器物科学之余，他就有可能感到，若想加以彻底理解，必须将之划归到一整套的时空观念当中，而传统儒家的天地哲学似乎力所不逮，急需外来的补益。
　　唐宋以来，逐渐成熟的庶民社会得到了佛道二教的积极回应。佛家与道家开始部分承担起儒家过去的社会功能（如丧礼中的佛教仪式），甚至大有取而代之的势头。于是，儒学如何从传统中创造出适应庶民社会需要的新伦理秩序，就成为极为迫切的任务。此可谓“儒”需要“补”的又一侧证。而对徐光启和利玛窦而言，紧接着第二个问题便是：为什么西方的哲学与知识可以“补”？首先必得注意，接受天主教义“天学”的教化，不等于完全放弃儒家的意义系统，只不过是要挥别北宋以来理学模仿佛学所做的心性空谈，而“修齐治平”的儒家理想并未受到根本的挑战。或许正是因为如此，我们看到另一位传教士高一志的书名干脆就叫《治平西学》。“中国之说本明，至利玛窦入而始畅”，西洋人只是帮中国人回忆起古代的学说罢了！或许正因如此，利玛窦才被冠以“西儒”。
　　利玛窦在强调耶教补儒之外，还并举了“易佛”。为何一补一易？表面看，此举是为“批驳所有中国的宗教教派”（《天主实义》），从而使异教徒认识并皈依于上帝的实存。但究其内里，大致不脱韦伯的比较宗教理论。宗教和科学，作为西方世界的两大文明成就，最重要的共同特征就是形式理性化。在这个意义上，佛教和基督教形成了几乎截然对立的理性化机制，而“儒”即便被认作“儒教”，亦不至与基督教义理圆凿方枘。当然，这也就暗示了一种宗教批判的思想内面。徐光启生活的时代，理学已趋颓势，被东林学派批为空疏狂放而流于禅门的偏颇。当然，徐光启虽然受到东林学派的宗教批判观念的影响，但未必同意所谓儒释道“三教合一”的主张。如此一来，辟禅道从而易佛，并以倡导经世致用的实学来补儒，实际上也成为当世思想自身发展的内在要求。
　　这一要求时或以冲突的方式表达出来。万历四十四年（一六一六），士大夫沈傕连上三疏，指斥天主教变乱礼法、诳诱愚民、矫诬称尊。见万历皇帝对此并不表态，沈傕便串联大学士方从哲和魏忠贤发兵包围南京教堂，拘捕教父与教民，史称“南京教案”。事件发生后，徐光启急忙向皇帝上书《辨学章疏》，极力强调：基督教可以“补益王化”，“使敷宣劝化，窃意数年之后，人心世道，必渐此改观。乃至一德同风，翕然丕变，法立而必行，令出而不犯。中外皆勿欺之臣，比屋成可封之俗。圣躬延无疆之遐福，国祚沿永世之太平矣”。不做诛心之论，沈傕的举动其实也应被视为晚明一代知识分子面对社会精神危机时的思想反应。换言之，沈、徐二人在具体选择上的区别并不具有根本性。即便说徐光启比沈傕的认识更加深刻，也只是在对基督教义的参详和对自然科学的渴望中，朦胧地意识到了二者所共同表征的理性化机制会对社会整合产生巨大的推动作用。入耶教和学科学，表面上没有联系，实质上则保持了深刻的一致性。
　　无论宗教、科学，都包含着徐光启的深深焦虑，千头万绪又皆以“王化”为指归。今人以后见之明，自然会发现这一焦虑实际上预告了晚明后期即将遭遇的更大危机。我们在徐光启的故事中能够清楚地看到，一代传统知识分子在历史大变动的前夜经历的种种心路曲折，展示出东西两大文明之间的接触、碰撞乃至结晶。但若能更进一步，以徐光启、利玛窦的思想交汇为切点，横截出更为宏观的历史断面，其实会发现这一危机也具有更加广阔的全球史背景，日本学者岸本美绪称为“后十六世纪”问题：随着人、商品、货币在全球范围内的迅速流动，世界各主要文明体在十六世纪先后进入大变动时期，旧的体制逐渐难以应付层出不穷的困难，而新的体制也正在新老问题的前后呼应中缓慢孕育，其中最为重大的关节之一便是如何面对一国内民族与宗教的多样性。
　　北宋以来，中原政权在辽、金、西夏的“列国”并行体制中艰难生存，多民族国家的兴起颠覆了地理上中心与边缘的关系。忽必烈建元中统后失去对四大兀鲁思的实际控制能力，意味着在地化治理同样无法完成有效的政治统合。佛教自唐代完成中国化，与儒家、道家等本土思想在竞争中相互渗透、相互借鉴，然而号称致广大而尽精微的宋明理学在社会治理上却显得举措失当。民族宗教交错叠加，思想观念异质杂多，国家社会如何走出困境，“王化”如何获取新的动力，成了几代学人共同求索的时代难题。也正是在这一意义上，无论是徐光启向新知识的自我奉献，还是沈傕对待新宗教的决绝态度，都获得了更加深刻的社会历史意义。此外，或许还应提到晚清士子严复的慨叹：“波兰人歌白尼，尽破地静天动旧说，证地为日局行星之一，岁岁绕日……喟然叹曰：伟哉科学！五洲政治之变，基于此也！”这已是徐光启身后两百多年的事情了。又过一百年，后世似乎已经淡漠了的科学与政治其实并非毫无干系。
　　所谓文明者，不外器物与制度两端。而其背后的思想与观念，则应被视为活的要素，使之保持了新鲜的骨血，不致僵化为历史的木乃伊，残存于或博物会所或青灯黄卷之中供人凭吊。倾听历史，不单是观看碎陶破瓦，而是触摸纹络中的密语，因为那中间往往不但包含着一个文明最为惊心动魄的危机，也隐藏着决定这个文明能否回应挑战、继续前行的潜力。正如岸本美绪所言，“后十六世纪问题”在进入新千年的世界尚未彻底消除，民族宗教的治理危机甚至在全球化的背景下愈演愈烈。由此，回顾后十六世纪不同思想的相遇恐怕仍然具有无可取代的现实意义。