【摘 要】
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为大规模开发有效的向日葵锈菌SSR标记,根据向日葵锈菌转录组数据,使用Ubuntu 12.04 LTS系统的Perl操作平台MISA软件对向日葵锈菌转录组序列进行高通量微卫星SSR位点发掘。在
【基金项目】
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国家自然科学基金（3136042）,国家向日葵现代产业技术体系（CARS-16）
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为大规模开发有效的向日葵锈菌SSR标记,根据向日葵锈菌转录组数据,使用Ubuntu 12.04 LTS系统的Perl操作平台MISA软件对向日葵锈菌转录组序列进行高通量微卫星SSR位点发掘。在15946条转录本中发现20861个SSR,平均3.97kb出现一个SSR。共发现244种碱基重复模式,（A/T）n所占比例最高,达到88.24%。在42610条注释成功的向日葵锈菌unigene中,含有SSR的序列14069条,共发现18100个SSR位点,其中位于编码区1057个,出现频率为0.3822 SSR/
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