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目的
了解六安市新型冠状病毒肺炎病例流行病学特征和基因组变异情况,为疫情防控提供依据。
方法收集六安市69例新型冠状病毒肺炎确诊病例流行病学资料,进行统计学分析。运用全基因组靶向捕获技术和纳米孔单分子测序技术对其中的58份临床样本进行全基因组测序,通过MEGA 4.0软件中的MUSCLE方法进行序列比对和分析,将全基因组序列上传至国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。
结果69例新型冠状病毒肺炎确诊病例中,男性44例,女性25例,男女性比为1.79:1;年龄范围从10月龄~78岁;重症9例,45岁以上占6例,无死亡病例;输入性病例28例(40.58%);69例确诊病例中城区(含县城)22例(31.88%),农村47例(68.12%);其中58份样本经三代测序得到37个完整的全基因组序列,经全球共享流感数据倡议组织(GISAID)网站分析,4株为S型,28株为L型,其余5株为其他型。与参考株(GenBank Acession: NC_045512.2)比对,24个基因组中共有36个核苷酸位点发生了变异,引起氨基酸变异的有21个。
结论六安市重症病例以中老年为主;疫情由输入性向本地续发过渡,输入性病例多属早期病例;新冠病毒主要为L型,与武汉地区基本一致。