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本文认为：被正统经济学视为异端＂的制度经济学作为正统经济学在制度分析中的一个应用，源于正统经济学，曾经反叛正统经济学，最后又回归于正统经济学，形成了从制度的不确定性角度来分析经济问题的研究范式；制度经济学与正统经济学在研究对象和研究方法上都存在着差异，这种差异造成了二者的冲突，主要体现在制度经济学对正统经济学的批判上，即对正统经济学的长期与短期的含义提出异议、反对正统经济学的模型分析方法、对正统经济学的非现实性的假设前提及一些概念进行了修正、反对正统经济学的自由放任政策等