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针对子学科具有物理目标的多目标协同优化问题,研究基于NSGA-II的求解策略.鉴于子学科个体满足约束可行性的进化过程与系统级分配期望值无关,提出具有良好的可行性和多样性的初始种群生成方法,以提高多目标子学科的计算效率和计算精度.为了解决由一致性目标函数与物理目标函数的作用不同而造成的NSGA-II非支配级排序困难,提出将子学科一致性目标函数转化为子学科自身约束的策略.最后,利用工程算例对所提出方法的有效性进行了验证.