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厄瓜多尔流域综合规划分为防洪、水资源综合利用、水资源保护和水利管理四大体系，水生态保护是预防和减缓流域水资源综合利用导致生态环境影响的重要方面，贯穿规划整个过程。系统分析整理了厄瓜多尔全国水生生物资源、涉水生态敏感区以及生态环境特点，分析了厄瓜多尔水生态方面存在的问题。针对全国河流水系特点及水生生物资源分布情况，结合规划方案，在充分考虑经济社会发展水平的基础上，提出了水生态保护思路。