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高通量测序是DNA测序技术发展中的重大突破，它的出现为现代生物科学研究提供了前所未有的机遇，例如基于猎物和寄主植物DNA分子解析生态系统的食物网研究已逐渐成为捕食性动物与植食性动物食物网研究的新型模式。在简要总结Roche 454、Illumina和Ion Torrent为代表的第二代测序技术的原理及最新进展的基础上，综述了近年来利用高通量测序技术在捕食性和植食性动物食物网解析构建研究方面取得的最新进展及存在的问题，以期为探索捕食性和植食性动物的猎物／寄主范围、猎物／寄主转换、资源分配、生物防治、生物保护