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目的：分析比较不同模式下的新农合基金运行情况。方法：文献分析和非参数检验法。结果：社保模式在资金总量控制上具有优势，但是没有发现在费用控制和运行成本上具有优势的证据。卫生模式则较好地体现了新农合“广覆盖、低保障”的特点；并且较多采用了二次补偿方式，增加了对大病补偿的保障力度。结论：统一管理模式的关键不仅在于提高基金安全性，还应该更好地保障参合农民的基本医疗健康权益。