目的通过高通量16S r DNA测序,探讨不同中医证型原发性失眠患者肠道菌群差异。方法选择原发性失眠患者65例,按中医证型分为肝郁化火组22例、心脾两虚组17例、阴虚火旺组26例,健康体检者47例为对照组。采用高通量16S r DNA测序方法分析患者便菌群结构,QIIME软件与R语言stats包等分析菌群差异。结果共得到1226个不同的基因序列分类单元(OTUs),4组间差异有统计学意义的OTUs共180个(P<0.05),表明样品有丰富的菌落。肝郁化火组、阴虚火旺组测序序列的定位个数多于心脾两虚组及对照组(P<0.05)。非加权Uni Frac分析显示,组间差异显著大于组内差异,表明分组有意义(R=0.103,P=0.002),提示肠道菌群多样性与失眠不同证型高度相关。属水平在不同组间明显差异共57个属(P<0.05),所有物种水平不同组间明显差异共115个物种(P<0.05)。对照组优势菌属包括:普雷沃氏菌属(prevotella)、巨单胞菌属(megamonas)、梭菌属(clostridiumⅪ、clostridiuumⅩⅧ)、魏斯氏菌属(weissella)、拟普雷沃氏菌属(alloprevotella);肝郁化火组优势菌属包括:考拉杆菌属(phascolarctobacterium)、黄杆菌属(flavonifractor)、埃格特菌属(eggerthella)、嗜胆菌属(bilophila);心脾两虚组优势菌属包括:鞘氨醇单胞菌属(sphingomonas)、甲基杆菌属(methylobacterium);阴虚火旺组优势菌属包括:拟杆菌属(bacteroides)、副拟杆菌属(parabacteroides)、parasutterella、butyricimonas、odoribacter。结论原发性失眠患者具有丰富的肠道菌群多样性及不同菌群结构,可能影响着不同中医证候的发生、发展及结局。