基于GEO数据库的产后抑郁症关键差异表达基因分析

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目的 利用生物信息学分析方法筛选产后抑郁症与免疫相关的关键差异表达基因及相关信号通路。方法 从GEO数据库中下载GSE45603数据集矩阵数据,应用R软件limma包筛选差异表达基因,应用plot包对差异表达基因绘制火山图。运用metaspace软件构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质互作网络。结果 获得了714个差异表达基因,包括149个上调基因及565个下调基因,形成4个与免疫相关的关键MCODE模块,鉴定出与产后抑郁症免疫相关通路的11个关键差异表达基因。其中,CD3G、CD8A、CD8B、ABL1、CCR7、CXCR6表达显著上调(P<0.05,logFC>0.5),而HLA-G、HLA-C、CCR1、SSTR2、LPAR2表达显著下调(P<0.05,logFC<-0.5),具有较高的诊断价值。结论 4个与免疫相关的关键MCODE模块可能在产后抑郁症中起关键作用,其中的11个关键差异表达基因可能是产后抑郁症潜在的生物标志物。
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