1.田间症状
　　柠檬疫菌褐腐病主要危害果实和叶片，以树冠中下部、靠近地面的果实及叶片受害较重，可造成大量落果和落叶。受害叶片多从叶缘、叶尖或沿主脉产生水渍状病斑，病健部交界不明显，病斑近圆形或不规则形，病斑初为淡青色至淡黄色，随后迅速转为浅褐色至深褐色，易误诊为急性炭疽病。阴雨潮湿时，病斑扩展极快，可占叶片面积的1/3～2/3，病叶主脉变黄，感病叶片大量脱落。果实发病时，果面出现淡灰色圆形斑，后渐变成淡褐色水渍状软腐，病部稍凹陷，病健部分界明显，后期果实有腐烂臭味。干燥条件下果实病斑革质，微凹陷，按压稍有弹性。果实发病后容易脱落。
　　2.田间发病的主要因子
　　高温多湿：疫菌褐腐病发生的最适温度为25～28℃。广西柠檬果园2015年6-7月及2016年4月因高温闷热及暴雨天气引发疫菌褐腐病，引起大量落叶及落果。
　　果园郁闭：广西发病柠檬园树龄6～7年，为高压苗，株行距4米×4米，冠幅4.5～5.0米，树高3.5米以上。该园管理粗放，定植后未修剪，幼树未定干，分枝低，下部枝条披垂拖地，植株间枝条交错，封行密闭，通风透光差，果园湿度大且田间管理极为不便。
　　果园积水：该柠檬果园为平地，行间未起畦，果园周围未开排水沟，雨季容易积水，病菌的游动孢子容易随雨水流动传播。
　　树势衰退：果园多年未翻土，冬季未清园，园内枯枝落叶、落果较多。未经腐熟的生鸡粪随意撒在地面，引起病菌繁殖蔓延。每年只施鸡粪和复合肥一次，植株缺乏氮、磷、钾等营养元素，导致树势衰退，抗病力差。
　　3.综合防治措施
　　开沟排水降湿：桂林春、夏两季多雨，果园要及时开排水沟，迅速排除积水，降低果园湿度，避免病菌随雨水在田间滞留。
　　合理修剪：剪除病虫枝、枯枝、拖地枝、交叉枝，短截下垂枝，抬高枝干，对空膛、树冠郁闭的树体进行“开天窗”处理，改善果园通风透光条件。
　　加强施肥管理：如果柠檬果园3月份地面撒施了生鸡粪，雨季鸡粪腐熟过程就容易引起病菌蔓延。要結合挖穴施肥将鸡粪与土壤及其他肥料混合回填。不偏施氮肥，增施有机肥。全园地面撒生石灰（每亩用量100～150公斤），调节土壤酸碱度，破坏病菌生存环境。
　　冬季清园：冬季采果后，结合挖穴施重肥及修剪，剪除病虫枝，清理果园内落叶落果，集中烧毁或深埋，减少病原。
　　喷药保护：发病后及时全园喷药，重点喷树冠中下部、内膛和地面，每隔5～7天喷一次，连喷2～3次。选用25%咪鲜胺乳油800～1000倍液、10%苯醚甲环唑1000～1500倍液、70%甲霜灵锰锌800～1000倍液或80%三乙膦酸铝（疫霜灵）600倍液。