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在校院二级管理背景下,学校科研管理部门在工作指标分配和考核中,如何做到科学公正合理、激发学院工作积极性,关系到学校年度科研工作完成的绩效,亦反映了学校科研管理工作的水平。以具有典型的行业特色、多学科并存的大连交通大学为例,对其科研经费指标分配中的做法进行分析,给出了可以借鉴的兼顾效率与公平、投入与产出的指标分配模型。