孕妇，38岁，孕2产1，宫内单胎妊娠。因高龄，孕19周行产前侵入性羊水染色体核型和微阵列分析（chromosome microarray analysis，CMA），系统超声未发现胎儿异常。孕妇否认家族遗传病，非近亲婚配。
检测结果染色体核型为46,XN；CMA结果发现10q23.33存在327Kb缺失arr[hg19] 10q23.33（95，501，355-95，828，607）x1。
变异评级根据2019年ACMG-ClinGen拷贝数致病评级新指南判断该CNV的致病性。该缺失片段涉及3个蛋白编码基因LGI1、PLCE1、SLC35G1。其中LGI1为明确致病基因，但该基因单倍计量致病效应不明确。该基因与常染色体显性家族性外侧颞叶癫痫相关（OMIM：600512），由颞叶引起的癫痫发作，通常伴有感觉症状（听觉障碍）。数据库gnomAD和DECIPHER预测其具有单倍剂量效应（PLI>0.9和HI<10%）。ClinGen数据库暂未对LGI1单倍剂量效应做明确评估。已发表的文献报道LGI1基因1- 4号外显子缺失、杂合错义突变（c.1372A>C、c.365T>A、c.695T>C）及c.835del、c.377_379del移码突变均可引起癫痫症，且体外功能研究表明突变阻碍细胞分泌LGI1蛋白，功能损失为其发病机制的基础。根据ClinGen单个基因剂量评分标准，充足证据表明LGI1具有单倍剂量效应，进而确定该CNV具有致病性。
遗传咨询对于CNV的致病性评级，应该根据新指南在CNV水平和单个基因水平上逐一评价，将传统定义为临床意义不明变异的却是区段重新分析，明确其致病效应，为产前诊断提供依据。同时建议胎儿父母行染色体微阵列，以进一步明确该区段缺失的遗传学来源，详细询问家族成员是否具有癫痫相关病史。
妊娠结局孕妇及家属拒绝家系验证，孕22周选择终止妊娠。
适合阅读人群遗传与产前诊断