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生态环境问题的复合性、复杂性、不确定性与生态文明作为人类文明新形态的广义性决定了生态文明研究不可能仅靠现行的生态整体思维便能深化理论创新和实践探索。深化生态文明研究的基本内涵包括:确立自然一人一社会“三位一体”、动态演进的生态文明思维,提出并论证基于自然、人和社会三大领域发展需求的生态文明学科群,建构由一个主题、两个基本点、三大论域和四种关系领域等互相联系、协同创新的生态文明理论体系,以微观、中观、宏观和宇观的分层同构创建深化生态文明研究的方法论体系。通过思维转变和体系建构克服既有研究在视域、论域和方法上的偏狭,形成“以人为本”、生态文明建设和社会建设三者同时并举、互为犄角的生态文明建设方略。