对重要大宗药用植物丹参尚没有高效特异分子标记开发应用研究,为有效利用丹参现有EST资源开发功能性分子标记,本文以生物信息学方法对GenBank的dbEST数据库中公开的10288条丹参(Salvia miltiorrhiza)EST进行整理,共获得非冗余性EST4192条。从中搜索到159个SSR位点,出现频率为3.79%,平均相隔12.74kb出现1个SSR位点。在1bp～6bp核苷酸重复基序中,二核苷酸重复基序SSR出现频率最高(77个、48.43%),其次是三核苷酸(41个、25.79%),四核苷酸出现频率最低(6个,3.77%)。在检出的47类重复基序中,出现频率超过5%的6种重复基序依次为:GA/CT(16.35%)、AG/TC(15.09%)、TCA/AGT(10.69%)、AT/TA(6.29%)、GAAAAG/CAAAAC(6.29%)、TA/AT(5.03%)。针对这些序列,设计开发了83对EST-SSR引物,对13个不同居群丹参样品及10种鼠尾草属物种进行了扩增效率、多态性及通用性检测,发现其中72对引物在供试材料中可进行特异性扩增,共产生279个位点,平均每对引物产生3.88个位点,且所有引物均显示多态性扩增。可有效扩增引物在鼠尾10个异源物种中的可转移率为60%～100%,平均85%。依据扩增结果进行遗传相似性分析,结果表明EST-SSR分析可揭示供试样品不同水平的遗传多样性,并可明确区分丹参及其他同属植物。上述工作为进行丹参及其同属物种的基因组差异性分析、遗传图谱构建及比较基因组等研究奠定了基础。