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西瓜炭疽病菌已发现７个小种，其中以小种１，２和３的流行最广，为害最重，是西瓜抗性育的主要对象。许多西瓜材料抗小种１和３，感小种２。遗传研究证实对小种１和３的抗性为同一显性基因控制，对小种２的抗性亦是单基因显性遗传。以非洲材料为抗源，美国育成了众多世界著名的抗或兼抗炭疽病中晚熟品种。抗生鉴定室内一般在一叶期，采用浸泡法，点滴法或喷雾法接种，大田则以喷雾法于二叶期傍晚进行。