近代蒙元史研究可从四个时期考察其历史发展。鸦片战争时期是近代蒙元史研究的开创时期，作为这一时期边疆史研究重要内容的蒙元史研究，直接服务于中国人民反对外来侵略的斗争，其治史旨趣已经不同于乾嘉学派脱离现实的古史考据；洋务运动时期是近代蒙元史研究承前启后的时期，蒙元史料搜集范围扩大了，域外史料的采用使治史方法上有了创新；从甲午战后到五四运动是近代蒙元史研究新旧递嬗时期，一些旧史家继续沿用封建史学理论与方法研究蒙元史，其史学思想与治史方法是陈腐的，但其对史料的搜集与考订功不可没，而资产阶级史学的建立使一些学者尝试用资产阶级文学思想与方法研究蒙元支，代表了蒙元史研究中封建史学向资产阶级文学演进的历史趋势；本世纪二、三十年代是运用资产阶级学术思想与方法研究蒙元史的时期，王国维、陈垣、陈寅恪等学术大师在蒙元史研究中突破了传统史学方法的局限，取得了巨大成就。