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吉日出发
1942年5月27日是日本海军节。在这个“吉祥如意”的早晨，一支庞大的舰队离开了日本本土的柱岛锚地，通过丰后水道，驶入了辽阔的太平洋。他们就是日本海军的精锐——第1机动部队。因为指挥官是南云忠一中将，所以又被称做南云部队。
他们此行是执行日本联合舰队下达的占领中途岛的命令。按照计划，他们将在中途岛登陆日(简称N日)前2天，抵达中途岛西北250海里阵位，并对中途岛发起航空攻击，摧毁岛上的航空力量和防御设施。此外，对岛四周发现的美国舰队发起攻击，并予以歼灭，然后随同主力迎战美国太平洋舰队的主力。在N－5日，日本的潜艇部队将在夏威夷西北和西部部署，为他们提供早期预警。而在5月31日一6月1日，一支由潜艇负责加油的二式大艇也将对珍珠港实施侦察。
南云部队的“命运旅程”的初期可谓一路顺风，出丰后水道后也没发现有美军潜艇。当时的太平洋，几乎是日本海军的天下，美国舰队除了小打小闹来点偷袭，没有什么大的动作。而日本舰队内部士气高涨，认为取得中途岛大捷只是时间问题。南云部队的那些飞行员和水兵们也是如此乐观。5月31日，舰队遇到了强风和大雨，在风雨中编队进行了加油。此后编队继续前进，直到2日闯入一片大雾之中。虽然在雾中航行十分危险，但是雾同样也提供了保护，使得美军飞机难以侦察。虽然在雾中编队无法执行Z字机动，极易遭到有雷达的美军潜艇攻击，然而一路还算顺利。到了3日那天，大雾仍然未散。按照原计划，10时30分，南云舰队将转向东南，杀奔中途岛。但是面对如此大雾，旗语和光学通讯都已失效，唯一的方法就是采用无线电通知。但是，由于舰队肩负消灭中途岛附近的美国舰队的任务，因此在行动中必须保持无线电静默，以防止被敌舰队探知行踪。而如果再不完成转向，舰队将无法及时赶到攻击阵位，无法在N－2日对中途岛发起空袭。面对这样的困难，机动部队首席参谋大石保中佐认为，虽然联合舰队的命令要求首先考虑攻击美军舰队，但是也确定要求在N－2日对中途岛发起空袭。如果不及时压制中途岛，会对整个登陆行动造成严重的影响。现在美国舰队不知道在哪，如果在珍珠港的话，就算赶来也来不及。所以，首要考虑空袭中途岛的事情。而参谋长草鹿龙之介少将在向情报参谋了解现有掌握的情报时，情报参谋报告没有什么新的情况，于是他建议南云中将采用低功率发报机发报。最后，南云终于决定采取这个方案。12时，南云部队完成转向，迅速扑向中途岛。
6月4日下午，南云部队加速到24节前进。此后，“利根”号巡洋舰报告，260度方位有10架敌机。接着“赤城”号观察哨又两度报告右舷90度方位有侦察机的灯光。但最终，这些警报都被确认为误报，不过虚惊一场。5日凌晨，他们终于顺利抵达了中途岛西北的攻击阵位。此间，一路保持无线电静默的南云部队面对的也是个静默的世界，在整整9天的航程中，南云没有接到任何敌我双方的电报。他们仿佛航行在一个静止的时空中，只是，9天后他们将要面对的是一个已全然改变了模样的世界。
海上危机
6月4日清晨4时30分(从本段开始，文中统一使用中途岛时间。中途岛时间的6月4日4时30分，相当于日本时间6月5日1时30分——笔者注)，南云部队按照原定计划起飞了108架飞机组成的第一攻击波袭击中途岛。在攻击波出发前，南云忠一中将根据手头所掌握的情报(跟出发时几乎一模一样——笔者注)，对战场态势作了一个总体判断：
在第一波起飞的同时，侦察力量也被派遣出去。按照计划是从2艘航母、1艘战列舰上各起飞1架飞机，从2艘重巡洋舰上各起飞2架飞机。结果“利根”号和“筑摩”的4架飞机都起飞晚了，其中1架甚至晚了30分钟(这就是中途岛海战中那架著名的缺席的侦察机——笔者注)。随后，编队从“加贺”号上起飞了9架战斗机，负责编队的空中安全。
5时正，当第一攻击波离去后，4艘航母的飞行甲板上立刻又摆满了飞机——这是第二攻击波，准备用于应付随时可能出现的美军舰队。它们包括36架零式战斗机、36架九九式俯冲轰炸机和36架九七式鱼雷攻击机。每架俯冲轰炸机携带1枚带延时引信的250公斤半穿甲炸弹；每架鱼雷机携带1枚航空鱼雷。最优秀的飞行员——战斗机队长板谷茂少佐、俯冲轰炸机队长江草隆繁少佐、鱼雷机队长村田重治少佐都被留下来带领这一波次。
5时25分，编队突然发现1架美国的PBY飞机。战斗机企图进行拦截，但是美国飞行员相当聪明，利用云层掩护不断侦察。之后，日本无线电人员发现该机在拍发电报。此后，南云部队就不断被难辨真假的水上飞机侦察警报折磨着，不断有军舰报告发现水上飞机和不明的小股飞机。
7时，南云忽然接到空袭中途岛的编队报告，中途岛需要第二次攻击。5分钟后，空袭警报响起。从中途岛来的美军陆基航空兵开始对南云部队进行袭击，这一波是4架B－26“掠夺者”式轰炸机(携带鱼雷)和6架TBF“复仇者”式鱼雷攻击机。南云部队很轻松地击退了他们，5架TBF和1架B－26葬身大海。有1架B－26企图撞击“赤城”号未果，掉进海里。“赤城”号则成功躲过数条鱼雷攻击。
7时15分，根据主要侦察机的报告，南云忠一作出判断：附近没有美军舰队，可以攻击中途岛。于是他作出了中途岛之战中第一个换弹命令：第二攻击波的飞机改换对地武器。这样“苍龙”号和“飞龙”号的18架俯冲轰炸机要把250公斤炸弹引信由延时改为瞬发，“赤城”号和“加贺”号则要把航空鱼雷改为800公斤炸弹。对于后者来说，工作量是巨大的。飞机必须先送回机库，完成武器更换后再重新调上甲板。
7时30分以后，南云部队突然接到推迟半小时起飞的“利根”号侦察机的报告，“发现10艘军舰，好象是敌舰。方位10度，距离中途岛240海里。航向150度，航速20节以上，时间7时28分。”从后面的时间可以看出，这封电报由于“利根”号转发，晚了几分钟到达南云手中。整个南云部队的指挥人员都大吃一惊，原来附近还有美军舰队。参谋们立即测算出双方距离200海里，处于日本飞机攻击范围，但是如果对方有航母，自己也处于对方的攻击范围。南云立即于7时45分下令停止换弹，等待侦察机进一步确认美军舰队的舰型。7时47分，他又下令侦察机保持接触并确认舰种。然而3分钟后，空袭警报响起，来自中途岛的16架SBD“无畏”式俯冲轰炸机对着编队杀来。7时58分，着急上火眼看着美军飞机在编队上空乱窜的南云和参谋们等来的是侦察机一份毫无价值的报告：“敌舰队航向改为180度。”8时，怒火中烧的南云再发电“详报舰型!”然而还没等到回答，美军从中途岛飞来的B－17也飞临编队上空，一顿狂轰滥炸。15架B-17轰炸“苍龙”号，SBD则集中攻击“飞龙”号。就在 一片混乱中，8时09分，南云终于获得侦察机准确的回答，“敌舰队包括5艘巡洋舰和5艘驱逐舰。”“赤城”号的舰桥一片轻松——美军编队没有航母。
然而情况并不乐观，为了击退美军飞机，负责防空的近藤已经抽调了第2攻击波的飞机升空协助作战(尽管又击落了8架SBD)。而且，为了躲避美军空袭，编队的队形已经混乱，需要时间重组，参谋们正在焦头烂额地策划方案。8时20分，南云突然接到侦察机来电，“敌舰队后方有一艘航母随行。”这仿佛一个晴天霹雳。南云大为惊讶，他现在需要立即拿出对付敌航母编队的方案，因为这才是他的首要目标。然而此时要命的是，空袭中途岛的第一波飞机也回来了，还几乎被误会成美军飞机。南云此时面对他一生中最为重要的一次决定：究竟是先派出毫无战斗机护航的第2次攻击波还是先收回缺少燃油的第1次攻击波。就在他思考时，中途岛派来的第5波攻击力量——11架老旧的SB2U“报复者”式俯冲轰炸机又拍马杀到。虽然他们没有突破空中防御，只是轰炸了“榛名”号战列舰，但是这一系列的轰炸还是让南云部队的指挥人员心理产生了微妙的变化。8时30分，又一个晴天霹雳，侦察机报告说刚才发现的美军舰队后方还有2艘巡洋舰。这说明了什么?是否在该部队之后还有一个航母编队?
此时，南云忠一和他的参谋们进退维谷。他们如果先派出毫无掩护的攻击波，好处是可以及时攻击敌舰队，但他们也亲眼目睹了美军无战斗机护航的攻击群在编队上空损失惨重，一无所获。此外，水平轰炸机(挂炸弹的鱼雷攻击机)虽然使用炸弹可以攻击军舰，但是需要更好的保护，而且水平轰炸移动军舰效果难以保证。如果让第2波飞机有足够的战斗机掩护并更换武器，那么从中途岛返航的机队就需要在空中等待更长的时间，这些飞机很可能因为燃料耗尽而坠海。如果先回收战斗机和中途岛返航机队，然后再出击，不仅能保证出击质量，还可以避免返航机队的损失，但是唯一的缺点是耗时太长。
8时30分刚过，勇猛的第2航空战队司令山口多闻少将就通过灯光信号传递了自己的意见：“建议攻击队立即起飞!”他认为在这种情况下，应当赶紧派出攻击兵力，其他都无关紧要。南云的参谋长草鹿强烈反对，认为这是自杀。南云无法取舍，便征询航空参谋源田实的意见。源田认为应该赶紧回收中途岛返航机队，于是谨慎的南云下令先回收飞机，加油和换弹，重新组织攻击队起飞。
中途岛作战日军序列表
主力部队 山本五十六 大将
第1战队 战列舰“大和”号、“长门”号、“陆奥”号
第2战队 战列舰“日向”号、“伊势”号、“山城”号、“扶桑”号
第9战队 重雷装轻巡“北上”号、“大井”号
第3航空战队 (一部)轻航母“凤翔”号驱逐舰“夕风”号
特务部队 水上飞机母舰“千代田”号’“日进”号
第1水雷战队 (一部)驱逐舰8艘
第3水雷战队 轻巡“川内”号，驱逐舰12艘
第1机动部队 南云忠一 中将
第1航空战队 航母“赤城”号、“加贺”号
第2航空战队 航母“苍龙”号、“飞龙”号
第3战队第2分队 战列舰“榛名”号、“雾岛”号
第8战队 重巡“利根”号、“筑摩”号
第10水雷战队 轻巡“长良”号，驱逐舰11艘
中途岛攻略部队 近藤信竹 中将
第3战队第1分队 战列舰“金刚”号、“比睿”号
第4战队第1分队 重巡“爱宕”号、“鸟海”号
第5战队(一部) 重巡“妙高”号、“羽黑”号
第7战队 重巡“熊野”号、“铃谷”号、“三隈”号、“最上”号
第3航空战队(一部) 轻航母“瑞凤”号，驱逐舰“三日月”号
第11航空战队 水上飞机母舰“千岁”号、“神川丸”号
第2水雷战队 轻巡“神通”号，驱逐舰11艘
第4水雷战队(一部) 轻巡“由良”号，驱逐舰7艘
第8驱逐舰分队 驱逐舰2艘
北方部队 细萱戊子郎 中将
第4航空战队 航母“隼鹰”号、“龙骧”号
第4战队第2分队 重巡“高雄”号、“摩耶”号
第5战队(一部) 重巡“那智”号
第21战队 轻巡“木曾”号“多摩”号，辅助巡洋舰“浅香丸”号
第1水雷战队(一部) 轻巡“阿武隈”号，驱逐舰4艘
驱逐舰第6分队 驱逐舰3艘
驱逐舰第7分队 驱逐舰3艘、驱逐舰2艘
潜艇部队
潜艇第3战队 1-12l、122、123、168、169、17l、174、175
潜艇第5战队 I-156、157、158、159、162、164、165、166
命运时刻
8时37分，南云部队4艘航母打出了降落信号，开始接收飞机降落。在第1航空战队的2艘航母上，原来第2攻击波的飞机被送回机库，拆下炸弹换装鱼雷。
就在大家都在忙碌之时，侦察机于8时55分又发来电报：“10架鱼雷轰炸机正向钧部飞行。”不过南云似乎对这个电报不是很在意，就在同时，“赤城”号用灯光信号告诉其余军舰：“完成回收作业之后，立即向北行驶，我部准备接近敌舰队消灭之。”并且，南云还电告率领主力在几百海里后的山本，“晨8时，距AF(即中途岛)240海里，方位10度发现敌舰队，计航母一，巡洋舰五，驱逐舰五，我部正向该敌前进中。”此时的南云认为自己对敌人的攻击只是时间问题。当然，南云部队在当时是有这个自信的。在之前美军陆基航空兵的袭击中，南云部队不仅击退了全部攻击波，而且自身毫发无伤。特别是日本海军训练有素的基层官兵们从美军不佳的表现中确认，美军的战术素养相当低劣。
9时刚过没多久，飞机全回收回来了。9时17分，南云部队航向转向70度，为了节省时间，不是整个编队的大转向，而是各个军舰原地转向。因此原来是第2航空战队在北，“飞龙”号领头，与在南的第1航空战队领头的“赤城”号齐头并进，现在变成“飞龙”号在编队右侧领头，“赤城”号尾随。同时在左侧，也是“苍龙”号领头，“加贺”号尾随了。
9时18分，编队突然拉起空袭警报。这是美军航母派出的TBD鱼雷攻击机群，而且跟前几波陆基攻击力量一样，没有战斗机掩护。空中巡逻的战斗机立即前去拦截。日军占优势的战斗机迅速控制了局势，击落了全部15架美军鱼雷机。而且，美军投下的鱼雷(据说看见4枚)全部被“苍龙”号躲过。9时36分，南云部队停止射击。然而仅仅2分钟之后，空袭警报再度响起——又发现美军一批TBD鱼雷攻击机。这时，南云有了不祥的感觉，他和他的参谋们意识到美军可能不止一艘航母。这批美军鱼雷机共14架，分成两队，左右夹击。但是，由于美军鱼雷机同样没战斗机掩护，又遭到数量占优势的零式战斗机围攻，很快被击落了10架。虽然有4架投雷，但是最终只有1架逃脱零式战斗机的追杀。
10时刚过，南云部队又拉响空袭警报，又有6架F4F战斗机和12架TBD鱼雷攻击机组成的美军机队向舰队杀来。此时，南云和幕僚们已经完全可以确定美军编队不止1艘航母了，他们完全没有了乐观的情绪。按照计划，攻击波将于10时30分起飞，但是南云等不及空中的零式战斗机完全解决那些美国鱼雷机，就于10时20分下令：“一旦准备完毕，立即起飞!”此时，美军最后一波于10时15分被击退，机群已经开始集结到飞行甲板上面来——包括12架战斗机、36架俯冲轰炸机和45架鱼雷攻击机。一旦出击，对于美国舰队来说必将是灭顶之灾。航母开始转向迎风，准备起飞飞机。
10时24分，比预计的提前了整整6分钟，第一架零式战斗机离开了“赤城”号航母的甲板。只需要5分钟时间，全部攻击波就将起飞，胜利的天平似乎已经完全倾向南云部队。就在此时，飞行甲板上的飞行员突然同时大喊：“敌俯冲轰炸机!”只见蓝天中一串小黑点对着南云部队的航母俯冲下来……
之后发生的事是所有对太平洋战史略知一二的人都了解的，也是大家从银幕上看到的——“赤城”号、“加贺”号和“苍龙”号瞬间被炸中起火，三艘航母同时丧失了战斗力。至此，中途岛海战的进程为美国人所掌握，日本联合舰队陷入了被动局面。
1942年5月27日是日本海军节。在这个“吉祥如意”的早晨，一支庞大的舰队离开了日本本土的柱岛锚地，通过丰后水道，驶入了辽阔的太平洋。他们就是日本海军的精锐——第1机动部队。因为指挥官是南云忠一中将，所以又被称做南云部队。
他们此行是执行日本联合舰队下达的占领中途岛的命令。按照计划，他们将在中途岛登陆日(简称N日)前2天，抵达中途岛西北250海里阵位，并对中途岛发起航空攻击，摧毁岛上的航空力量和防御设施。此外，对岛四周发现的美国舰队发起攻击，并予以歼灭，然后随同主力迎战美国太平洋舰队的主力。在N－5日，日本的潜艇部队将在夏威夷西北和西部部署，为他们提供早期预警。而在5月31日一6月1日，一支由潜艇负责加油的二式大艇也将对珍珠港实施侦察。
南云部队的“命运旅程”的初期可谓一路顺风，出丰后水道后也没发现有美军潜艇。当时的太平洋，几乎是日本海军的天下，美国舰队除了小打小闹来点偷袭，没有什么大的动作。而日本舰队内部士气高涨，认为取得中途岛大捷只是时间问题。南云部队的那些飞行员和水兵们也是如此乐观。5月31日，舰队遇到了强风和大雨，在风雨中编队进行了加油。此后编队继续前进，直到2日闯入一片大雾之中。虽然在雾中航行十分危险，但是雾同样也提供了保护，使得美军飞机难以侦察。虽然在雾中编队无法执行Z字机动，极易遭到有雷达的美军潜艇攻击，然而一路还算顺利。到了3日那天，大雾仍然未散。按照原计划，10时30分，南云舰队将转向东南，杀奔中途岛。但是面对如此大雾，旗语和光学通讯都已失效，唯一的方法就是采用无线电通知。但是，由于舰队肩负消灭中途岛附近的美国舰队的任务，因此在行动中必须保持无线电静默，以防止被敌舰队探知行踪。而如果再不完成转向，舰队将无法及时赶到攻击阵位，无法在N－2日对中途岛发起空袭。面对这样的困难，机动部队首席参谋大石保中佐认为，虽然联合舰队的命令要求首先考虑攻击美军舰队，但是也确定要求在N－2日对中途岛发起空袭。如果不及时压制中途岛，会对整个登陆行动造成严重的影响。现在美国舰队不知道在哪，如果在珍珠港的话，就算赶来也来不及。所以，首要考虑空袭中途岛的事情。而参谋长草鹿龙之介少将在向情报参谋了解现有掌握的情报时，情报参谋报告没有什么新的情况，于是他建议南云中将采用低功率发报机发报。最后，南云终于决定采取这个方案。12时，南云部队完成转向，迅速扑向中途岛。
6月4日下午，南云部队加速到24节前进。此后，“利根”号巡洋舰报告，260度方位有10架敌机。接着“赤城”号观察哨又两度报告右舷90度方位有侦察机的灯光。但最终，这些警报都被确认为误报，不过虚惊一场。5日凌晨，他们终于顺利抵达了中途岛西北的攻击阵位。此间，一路保持无线电静默的南云部队面对的也是个静默的世界，在整整9天的航程中，南云没有接到任何敌我双方的电报。他们仿佛航行在一个静止的时空中，只是，9天后他们将要面对的是一个已全然改变了模样的世界。
海上危机
6月4日清晨4时30分(从本段开始，文中统一使用中途岛时间。中途岛时间的6月4日4时30分，相当于日本时间6月5日1时30分——笔者注)，南云部队按照原定计划起飞了108架飞机组成的第一攻击波袭击中途岛。在攻击波出发前，南云忠一中将根据手头所掌握的情报(跟出发时几乎一模一样——笔者注)，对战场态势作了一个总体判断：
在第一波起飞的同时，侦察力量也被派遣出去。按照计划是从2艘航母、1艘战列舰上各起飞1架飞机，从2艘重巡洋舰上各起飞2架飞机。结果“利根”号和“筑摩”的4架飞机都起飞晚了，其中1架甚至晚了30分钟(这就是中途岛海战中那架著名的缺席的侦察机——笔者注)。随后，编队从“加贺”号上起飞了9架战斗机，负责编队的空中安全。
5时正，当第一攻击波离去后，4艘航母的飞行甲板上立刻又摆满了飞机——这是第二攻击波，准备用于应付随时可能出现的美军舰队。它们包括36架零式战斗机、36架九九式俯冲轰炸机和36架九七式鱼雷攻击机。每架俯冲轰炸机携带1枚带延时引信的250公斤半穿甲炸弹；每架鱼雷机携带1枚航空鱼雷。最优秀的飞行员——战斗机队长板谷茂少佐、俯冲轰炸机队长江草隆繁少佐、鱼雷机队长村田重治少佐都被留下来带领这一波次。
5时25分，编队突然发现1架美国的PBY飞机。战斗机企图进行拦截，但是美国飞行员相当聪明，利用云层掩护不断侦察。之后，日本无线电人员发现该机在拍发电报。此后，南云部队就不断被难辨真假的水上飞机侦察警报折磨着，不断有军舰报告发现水上飞机和不明的小股飞机。
7时，南云忽然接到空袭中途岛的编队报告，中途岛需要第二次攻击。5分钟后，空袭警报响起。从中途岛来的美军陆基航空兵开始对南云部队进行袭击，这一波是4架B－26“掠夺者”式轰炸机(携带鱼雷)和6架TBF“复仇者”式鱼雷攻击机。南云部队很轻松地击退了他们，5架TBF和1架B－26葬身大海。有1架B－26企图撞击“赤城”号未果，掉进海里。“赤城”号则成功躲过数条鱼雷攻击。
7时15分，根据主要侦察机的报告，南云忠一作出判断：附近没有美军舰队，可以攻击中途岛。于是他作出了中途岛之战中第一个换弹命令：第二攻击波的飞机改换对地武器。这样“苍龙”号和“飞龙”号的18架俯冲轰炸机要把250公斤炸弹引信由延时改为瞬发，“赤城”号和“加贺”号则要把航空鱼雷改为800公斤炸弹。对于后者来说，工作量是巨大的。飞机必须先送回机库，完成武器更换后再重新调上甲板。
7时30分以后，南云部队突然接到推迟半小时起飞的“利根”号侦察机的报告，“发现10艘军舰，好象是敌舰。方位10度，距离中途岛240海里。航向150度，航速20节以上，时间7时28分。”从后面的时间可以看出，这封电报由于“利根”号转发，晚了几分钟到达南云手中。整个南云部队的指挥人员都大吃一惊，原来附近还有美军舰队。参谋们立即测算出双方距离200海里，处于日本飞机攻击范围，但是如果对方有航母，自己也处于对方的攻击范围。南云立即于7时45分下令停止换弹，等待侦察机进一步确认美军舰队的舰型。7时47分，他又下令侦察机保持接触并确认舰种。然而3分钟后，空袭警报响起，来自中途岛的16架SBD“无畏”式俯冲轰炸机对着编队杀来。7时58分，着急上火眼看着美军飞机在编队上空乱窜的南云和参谋们等来的是侦察机一份毫无价值的报告：“敌舰队航向改为180度。”8时，怒火中烧的南云再发电“详报舰型!”然而还没等到回答，美军从中途岛飞来的B－17也飞临编队上空，一顿狂轰滥炸。15架B-17轰炸“苍龙”号，SBD则集中攻击“飞龙”号。就在 一片混乱中，8时09分，南云终于获得侦察机准确的回答，“敌舰队包括5艘巡洋舰和5艘驱逐舰。”“赤城”号的舰桥一片轻松——美军编队没有航母。
然而情况并不乐观，为了击退美军飞机，负责防空的近藤已经抽调了第2攻击波的飞机升空协助作战(尽管又击落了8架SBD)。而且，为了躲避美军空袭，编队的队形已经混乱，需要时间重组，参谋们正在焦头烂额地策划方案。8时20分，南云突然接到侦察机来电，“敌舰队后方有一艘航母随行。”这仿佛一个晴天霹雳。南云大为惊讶，他现在需要立即拿出对付敌航母编队的方案，因为这才是他的首要目标。然而此时要命的是，空袭中途岛的第一波飞机也回来了，还几乎被误会成美军飞机。南云此时面对他一生中最为重要的一次决定：究竟是先派出毫无战斗机护航的第2次攻击波还是先收回缺少燃油的第1次攻击波。就在他思考时，中途岛派来的第5波攻击力量——11架老旧的SB2U“报复者”式俯冲轰炸机又拍马杀到。虽然他们没有突破空中防御，只是轰炸了“榛名”号战列舰，但是这一系列的轰炸还是让南云部队的指挥人员心理产生了微妙的变化。8时30分，又一个晴天霹雳，侦察机报告说刚才发现的美军舰队后方还有2艘巡洋舰。这说明了什么?是否在该部队之后还有一个航母编队?
此时，南云忠一和他的参谋们进退维谷。他们如果先派出毫无掩护的攻击波，好处是可以及时攻击敌舰队，但他们也亲眼目睹了美军无战斗机护航的攻击群在编队上空损失惨重，一无所获。此外，水平轰炸机(挂炸弹的鱼雷攻击机)虽然使用炸弹可以攻击军舰，但是需要更好的保护，而且水平轰炸移动军舰效果难以保证。如果让第2波飞机有足够的战斗机掩护并更换武器，那么从中途岛返航的机队就需要在空中等待更长的时间，这些飞机很可能因为燃料耗尽而坠海。如果先回收战斗机和中途岛返航机队，然后再出击，不仅能保证出击质量，还可以避免返航机队的损失，但是唯一的缺点是耗时太长。
8时30分刚过，勇猛的第2航空战队司令山口多闻少将就通过灯光信号传递了自己的意见：“建议攻击队立即起飞!”他认为在这种情况下，应当赶紧派出攻击兵力，其他都无关紧要。南云的参谋长草鹿强烈反对，认为这是自杀。南云无法取舍，便征询航空参谋源田实的意见。源田认为应该赶紧回收中途岛返航机队，于是谨慎的南云下令先回收飞机，加油和换弹，重新组织攻击队起飞。
中途岛作战日军序列表
主力部队 山本五十六 大将
第1战队 战列舰“大和”号、“长门”号、“陆奥”号
第2战队 战列舰“日向”号、“伊势”号、“山城”号、“扶桑”号
第9战队 重雷装轻巡“北上”号、“大井”号
第3航空战队 (一部)轻航母“凤翔”号驱逐舰“夕风”号
特务部队 水上飞机母舰“千代田”号’“日进”号
第1水雷战队 (一部)驱逐舰8艘
第3水雷战队 轻巡“川内”号，驱逐舰12艘
第1机动部队 南云忠一 中将
第1航空战队 航母“赤城”号、“加贺”号
第2航空战队 航母“苍龙”号、“飞龙”号
第3战队第2分队 战列舰“榛名”号、“雾岛”号
第8战队 重巡“利根”号、“筑摩”号
第10水雷战队 轻巡“长良”号，驱逐舰11艘
中途岛攻略部队 近藤信竹 中将
第3战队第1分队 战列舰“金刚”号、“比睿”号
第4战队第1分队 重巡“爱宕”号、“鸟海”号
第5战队(一部) 重巡“妙高”号、“羽黑”号
第7战队 重巡“熊野”号、“铃谷”号、“三隈”号、“最上”号
第3航空战队(一部) 轻航母“瑞凤”号，驱逐舰“三日月”号
第11航空战队 水上飞机母舰“千岁”号、“神川丸”号
第2水雷战队 轻巡“神通”号，驱逐舰11艘
第4水雷战队(一部) 轻巡“由良”号，驱逐舰7艘
第8驱逐舰分队 驱逐舰2艘
北方部队 细萱戊子郎 中将
第4航空战队 航母“隼鹰”号、“龙骧”号
第4战队第2分队 重巡“高雄”号、“摩耶”号
第5战队(一部) 重巡“那智”号
第21战队 轻巡“木曾”号“多摩”号，辅助巡洋舰“浅香丸”号
第1水雷战队(一部) 轻巡“阿武隈”号，驱逐舰4艘
驱逐舰第6分队 驱逐舰3艘
驱逐舰第7分队 驱逐舰3艘、驱逐舰2艘
潜艇部队
潜艇第3战队 1-12l、122、123、168、169、17l、174、175
潜艇第5战队 I-156、157、158、159、162、164、165、166
命运时刻
8时37分，南云部队4艘航母打出了降落信号，开始接收飞机降落。在第1航空战队的2艘航母上，原来第2攻击波的飞机被送回机库，拆下炸弹换装鱼雷。
就在大家都在忙碌之时，侦察机于8时55分又发来电报：“10架鱼雷轰炸机正向钧部飞行。”不过南云似乎对这个电报不是很在意，就在同时，“赤城”号用灯光信号告诉其余军舰：“完成回收作业之后，立即向北行驶，我部准备接近敌舰队消灭之。”并且，南云还电告率领主力在几百海里后的山本，“晨8时，距AF(即中途岛)240海里，方位10度发现敌舰队，计航母一，巡洋舰五，驱逐舰五，我部正向该敌前进中。”此时的南云认为自己对敌人的攻击只是时间问题。当然，南云部队在当时是有这个自信的。在之前美军陆基航空兵的袭击中，南云部队不仅击退了全部攻击波，而且自身毫发无伤。特别是日本海军训练有素的基层官兵们从美军不佳的表现中确认，美军的战术素养相当低劣。
9时刚过没多久，飞机全回收回来了。9时17分，南云部队航向转向70度，为了节省时间，不是整个编队的大转向，而是各个军舰原地转向。因此原来是第2航空战队在北，“飞龙”号领头，与在南的第1航空战队领头的“赤城”号齐头并进，现在变成“飞龙”号在编队右侧领头，“赤城”号尾随。同时在左侧，也是“苍龙”号领头，“加贺”号尾随了。
9时18分，编队突然拉起空袭警报。这是美军航母派出的TBD鱼雷攻击机群，而且跟前几波陆基攻击力量一样，没有战斗机掩护。空中巡逻的战斗机立即前去拦截。日军占优势的战斗机迅速控制了局势，击落了全部15架美军鱼雷机。而且，美军投下的鱼雷(据说看见4枚)全部被“苍龙”号躲过。9时36分，南云部队停止射击。然而仅仅2分钟之后，空袭警报再度响起——又发现美军一批TBD鱼雷攻击机。这时，南云有了不祥的感觉，他和他的参谋们意识到美军可能不止一艘航母。这批美军鱼雷机共14架，分成两队，左右夹击。但是，由于美军鱼雷机同样没战斗机掩护，又遭到数量占优势的零式战斗机围攻，很快被击落了10架。虽然有4架投雷，但是最终只有1架逃脱零式战斗机的追杀。
10时刚过，南云部队又拉响空袭警报，又有6架F4F战斗机和12架TBD鱼雷攻击机组成的美军机队向舰队杀来。此时，南云和幕僚们已经完全可以确定美军编队不止1艘航母了，他们完全没有了乐观的情绪。按照计划，攻击波将于10时30分起飞，但是南云等不及空中的零式战斗机完全解决那些美国鱼雷机，就于10时20分下令：“一旦准备完毕，立即起飞!”此时，美军最后一波于10时15分被击退，机群已经开始集结到飞行甲板上面来——包括12架战斗机、36架俯冲轰炸机和45架鱼雷攻击机。一旦出击，对于美国舰队来说必将是灭顶之灾。航母开始转向迎风，准备起飞飞机。
10时24分，比预计的提前了整整6分钟，第一架零式战斗机离开了“赤城”号航母的甲板。只需要5分钟时间，全部攻击波就将起飞，胜利的天平似乎已经完全倾向南云部队。就在此时，飞行甲板上的飞行员突然同时大喊：“敌俯冲轰炸机!”只见蓝天中一串小黑点对着南云部队的航母俯冲下来……
之后发生的事是所有对太平洋战史略知一二的人都了解的，也是大家从银幕上看到的——“赤城”号、“加贺”号和“苍龙”号瞬间被炸中起火，三艘航母同时丧失了战斗力。至此，中途岛海战的进程为美国人所掌握，日本联合舰队陷入了被动局面。