近几年，中小学综合实践活动课程在理论和实践方面也得了一定的成绩。然而，由于诸多主观和客观的原因，在实施的过程中也存在诸多问题，导致中小学综合实践活动流于形式，效果不尽人意。
　　一、对综合实践活动课程思想认识不到位
　　素質教育的口号虽然喊着许多年，但由于整个教育还被应试教育氛围笼罩着，结果还是 “雷声大而雨点小”。传统的教育思想，特别是应试教育思想，使教师、家长和学生都普遍认为学科成绩才是升学考试的唯一条件，而把人的整体素质的和谐发展置于次要和从属地位。部分学校至今还没有把综合实践活动课程列入教学工作计划，只是遇上级检查时应付开展一阵子而己。同时，综合实践活动的开放性、自主性和灵活性，使早已习惯于封闭性和机械化的学科教学的教师和学生，对此类课程特有的模式、性质和作用等缺乏足够的认识，出现了明显的不适应，严重影响着这类课程的深入开展。
　　二、课程执行的难度与教师素质的薄弱
　　综合实践活动课程中，教师要设计整体的活动方案，包括对学习内容、目标要求、组织方式和时间分配等做出安排；在组织实施过程中要向学生提供必要的人力、物力条件；这门课程的特点又决定了没有现成的教材和教案。因此，该课程的实施要求教师具有较高的综合素质。但是，教师在分科教学的环境中，受学科教材、教法的影响，观念上滞后，课程意识非常淡薄，课程开发能力非常有限。实际上，绝大多数学校是很难开发出符合质量的综合实践活动课程的。另外，开发和实施新课程都需要投入大量的人力、物力和财力。这些都直接导致了很多学校的综合实践活动课形同虚设，既没有开发也没有实施。
　　三、课程的整合特点与课时规定的分裂
　　有很多教师不清楚综合实践活动与课外活动的内容、学科兴趣小组内容、学科课程中实践活动的区别究竟在哪里，在实践中也难以操作。旧课程单一的课程结构、相对封闭的学科体系跟不上现代教育发展的需要，综合化是现代教育的必然结果。但是，很多学校将每周3课时的综合实践活动时间规定为一节劳技课、一节班会活动课加上一节信息技术教育课，违背了综合实践活动最基本的一个要素，即综合性。这种异化了的课时规定，背弃了综合实践活动课程的开设目的。
　　综合实践活动不能有效开展，在一定程度上影响到课程改革的整体质量。不利于对学生创新意识和实践能力的培养，不利于学校教育质量全面提高。