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氨酰－ｔＲＮＡ合成酶与ＴＲＮＡ的相互作用保证了蛋白质生物合成的忠实性。氨酰－ｔＲＮＡ合成酶对ｔＲＮＡ识别的专一性依赖于ａａＲＳ特定的催化结构域才ｔＲＮＡ分子特异的三级结构构象，反密码子和接受茎在大多数ａａＲＳ对ｔＲＮＡ分子的识别过程中起着艇，其他部位如何变口袋，可变环等，甚至修饰核苷酸对一一些识别过程也有重要作用。