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北京市耳鼻咽喉头颈外科研究中心于2002年正式成立，由首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科与北京市耳鼻咽喉科研究所共同组建而成。多年来在国内外有着广泛的学术影响并享有较高的学术地位，现为教育部国家重点学科。首都医科大学耳鼻咽喉科博士学位授予点、国家生命科学与人才培养基地一首都医科大学耳鼻喉科学院、教育部耳鼻咽喉头颈科学重点实验室、世界卫生组织防聋合作中心均落户于该中心。2011年，经卫生部审核批准该中心成为国家临床重点专科。