2008年,中央财政在均衡性转移支付体系下设立了生态功能区财政转移支付,各省区再根据自身情况设计相应的资金分配办法,其最终目标是引导生态功能区政府和居民保护生态环境。然而,由于中央对地方生态功能区财政转移支付设计理念是建立在增强生态功能区政府基本公共服务供给能力上,加之各省区的资金分配方案又各不相同,自然,制度设计的初衷与最终目标之间必然存在偏差。本文主张中央对地方生态功能区财政转移支付制度应该定位在生态外溢价值补偿上,同时应建立全国统一的生态功能区转移支付制度体系。首先,本文基于不同补偿路径提出了"生态外溢价值"补偿理念;其次,基于拓展的能值模型分别测算生态服务功能价值、生态资源稀缺价值和生态价值自身消费,重构基于生态外溢价值补偿的生态功能区财政转移支付资金补偿体系;再次,以全国31个省区和云南省129个县市为案例,对生态功能区财政转移支付资金分配进行实证测算,以检验该方法的可操作性。最后,提出构建和完善该项制度的进一步展望。