为深入研究银翘散抗流感病毒有效部位的物质组成及其归属,本文利用HPLC及LC-MS/MS提供的色谱及离子碎片信息,对相同实验条件下提取的银翘散抗流感病毒有效部位及其组方各单味药的色谱指纹图谱流出组分进行对比分析,实现了银翘散与其单味药中各组分的归属分析。采用HPLC及LC-MS/MS方法,负离子扫描获得质谱数据。根据保留时间比对、阴性验证、离子碎片解析、添加对照品指认等方法,归属色谱峰来源,并对主要色谱峰进行指认。结果对银翘散抗流感病毒有效部位色谱指纹图谱中的30个共有色谱峰,归属了其中的29个峰。对其中14个主要色谱峰进行了确定,分别为绿原酸、甘草苷、甘草素-4′-O-芹糖(1→2)葡糖苷、连翘酯苷、芦丁、4,5-二咖啡酰基奎宁酸、3,5-二咖啡酰基奎宁酸、异甘草素-4-O-芹糖(1→2)葡糖苷、3,4-二咖啡酰基奎宁酸、异甘草素-2′-O-芹糖(1→2)葡糖苷、牛蒡子苷、醉鱼草苷、染料木素和异甘草素。银翘散抗流感病毒有效部位与组方各单味药有较好的相关性,建立的方法所测得的色谱指纹图谱特征性和专属性较强,可对中药复方及组成该复方的单味药成分的色谱指纹图谱进行快速比较分析,并为复方物质基础的阐明奠定了基础。