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西部生态脆弱地区经济发展和生态保护矛盾十分尖锐,严重制约了地区发展。云南作为西部生态脆弱省份之一,本文分析了云南省主体功能区划的必要性及生态补偿现状,重点从可持续发展、产权界定、生态经济价值和公平效益四个角度探讨云南省主体功能区生态补偿存在的问题,为云南以及西部生态脆弱地区建立生态补偿机制并开展实践提供一定理论基础。