宋神宗熙宁八年（1075年），南方大疫，两浙地区疫病大面积流传，杭州是这场大疫的一个重灾区，死亡人数估计约在50余万人左右。大疫流行高峰过后，商贾不行，市场萧条，悲惨景象令人难忘。时在杭州任通判的苏轼，积极地投入到了紧张的救灾工作中。
　　 苏轼请求朝廷延缓两浙路部分上供米的时限，同时又向朝廷请求钱米赈济百姓。他认为这次疫病虽系天时不利，但也是本路监司郡守张靓、沈起等人处置失策造成的，从而“助成灾变”，遂向神宗上奏揭露这些为官不力的官员。由于实施了有力的救灾措施，整个两浙路的米价回落，灾疫后社会秩序得到了稳定，生产渐渐恢复。
　　 十多年以后，苏轼又以龙图学士出知杭州。元祐四年（1089年）夏天，苏轼刚上任不久，杭州先是大旱，接着“饥疫并作”，苏轼多方设法救济饥民。他向朝廷上奏，请求中央对杭州进行救济。不久，哲宗下令用两浙路上供米20万石救灾，并免去当年度两浙路上供米数的三分之一，賜度僧牒，以僧牒换来的钱买米后救济饥疫中灾民。
　　 元祐五年，疫情虽趋平缓，但带来的后果是相当严重的。到了春天青黄不接的时候，苏轼下令将常平仓米减价出粜给平民百姓，还派专人每天烧粥施舍给穷人，煎药让无钱请医的病人服用。他派出专人带了医生在杭州城内一个坊一个坊地去治病，不遗弃任何一个没钱的穷人，救活了大批病人。
　　 由于杭州这次疫情比其他地方要严重得多，单靠政府力量显得不够，苏轼还发动民间财力支援抗疫救灾。他自己以身作则，首先献出个人黄金五十两，再加上他筹措到的官府纹银二千两，创办起一所病坊，名为“安乐坊”，收纳贫苦病人，之后他又“畜钱粮”作为病坊的运转费用。病坊设立前后三年，治愈病人数以千计。可以这么说，安乐坊是我国历史上第一家公私集资合办的传染病医院。
　　 苏轼屡遇疫灾，见到大批百姓被疫病夺去性命，他也开始究心医理，撰有医药杂说及医方，后人将其一部分并入《苏沈良方》。他早年从蜀人巢谷处秘传到的“圣散子方”，他认为是专治瘟疫，百无一失。他在黄州时，黄州连年大疫，靠了这药，“全活者不可胜数”。这药对治疗一些伤寒病很有疗效，为历代医家称道。