【摘 要】
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目的 运用分子对接技术模拟预测TCMSP数据库中药成分对新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 3CL水解酶的作用.方法 基于SARS-CoV-2 3CL水解酶的PDB晶型结构(6LU7),构建虚拟靶标模型,以T
【机 构】
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陕西中医药大学陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心,秦药特色资源研究与开发国家重点实验室(培育),陕西省创新药物研究中心,陕西咸阳712083陕西中医药大学附属医院,陕西咸阳,712083;南京中医
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目的 运用分子对接技术模拟预测TCMSP数据库中药成分对新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 3CL水解酶的作用.方法 基于SARS-CoV-2 3CL水解酶的PDB晶型结构(6LU7),构建虚拟靶标模型,以TCMSP数据库中的13 143个化合物为配体筛选对象,以6LU7原配体分子为对照,采用薛定谔2018软件,以Glide程序建立6LU7分子对接体系.然后以原配体分子的对接打分结果为阈值,口服生物利用度(OB)≥30％或类药性(DL)≥0.18为标准筛选候选化合物.最后建立“成分-药材-归经-功效”网络,对候选成分的主要药材归属和作用功效进行总结.结果 按照对接打分、OB、DL筛选标准,共筛选得到60个化合物.受体-配体相互作用结果显示,候选化合物主要与靶点蛋白的GLU166、GLY143、ASP187、CYS145、GLN 189和LEU141等发生氢键作用.网络预测结果显示,所筛选化合物主要归属药材为甘草、桑白皮、满山红、虎杖和车前草等,肺脏是作用的关键靶器官,其作用功效以清热解毒、止咳祛痰、泻肺平喘等为主.结论 对TCMSP数据库化合物进行虚拟分子对接得到的结果为SARS-CoV-2 3CL水解酶抑制剂筛选提供了相关数据.
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